La forme clinique grave de la grippe aviaire était autrefois classée parmi les « pestes aviaires ». Elle a été renommée « infection à virus influenza hautement pathogène » suite à l'identification de l'agent causal, donc à l'isolement du virus, lors du symposium de Beltsville en 1981… pour ne plus être confondue avec la « pseudopeste aviaire », ancienne dénomination de la maladie de Newcastle, dont les symptômes sont proches ou identiques, mais d'étiologie différente puisque due à un virus du genre Rubulavirus).
Un sous type viral HxNx peut avoir des formes plus ou moins pathogènes, ainsi existent des variants faiblement pathogènes du H5N1, bien qu'il existe aussi des sous-type de ce virus parmi les plus pathogène que les virologues aient jamais décrit.
La dénomination générique de « peste aviaire » regroupait généralement la peste aviaire vraie (ou influenza) et la pseudopeste aviaire (ou maladie de Newcastle), mais pas la peste (ou entérite à virus) du canard (duck plague ou duck virus enteritis) due à un virus herpès.
La grippe aviaire due au H5N1 est une Maladie à Déclaration Obligatoire (MDO), car classée Maladie Réputée Contagieuse (MRC) sous la dénomination : « L'influenza sous toutes ses formes dans toutes les espèces d'oiseaux. » (La maladie doit être provoquée par des virus grippaux possédant un IPIV supérieur à 1,2 ou un sous-type H5 ou H7 pour lequel le séquençage des nucléotides a prouvé la présence d'acides aminés basiques multiples au niveau du site de clivage de l'hémagglutinine). La définition n'englobe pas toutes les espèces. Selon le Code OIE qui inspire la plupart des législations nationales, bien que le virus puisse infecter le singe, la maladie n'est pas MRC pour le singe. En 2005-2006, divers experts ont recommandé un meilleur suivi de tous les sous-types grippaux pour toutes les espèces à risque et non pour le seul H5N1 chez les espèces réputées sensibles. Jusqu'en 2006, les formes faiblement pathogènes n'étaient pas déclarées chez les oiseaux sauvages ou domestiques, mais la FAO, l'OIE et le nouveau règlement OIE ont encouragé leur déclaration depuis, car ces virus peuvent avoir une importance écoépidémiologique, en tant que réserve de gènes susceptibles d'être recombinés avec les gènes de sous-types pathogènes. Ils peuvent aussi muter et devenir dangereux.
L'influenza aviaire (hautement pathogène : HP) est défini légalement comme :
Il varie selon les caractéristiques intrinsèques du virus et selon l'état immunitaire de l'organisme qui subit l'infection. Ces variations sont d'ordres :
Un indice de pathogénicité peut aussi être expérimentalement fourni pour le poulet par l'index de pathogénicité intra-veineuse (IPIV pour les francophones ou IVPI : Intravenous pathogenicity index pour les anglo-saxons); Les souches HP (Hautement pathogènes) ont généralement un index supérieur à 1,2 ; 0 correspondant au moins pathogène et 3 au plus pathogène.
Il existe aussi un Index de pathogénicité intra-cérébrale (ICPI : Intracerebral pathogenicity index pour les anglo-saxons) classé de 0 (le moins pathogène) à 2 (le plus pathogène).
L'hémagglutinine virale semble le 1er déterminant de la virulence des souches. Une séquence multibasique au niveau du site de clivage de l'hémaglutinine caractériserait les souches hautement pathogènes et très contagieuses. Cette propriété est fréquente chez les sous-types aviaires H5 et H7 (Des souches initialement faiblement pathogènes peuvent aussi parfois, à la suite de mutations affectant l'hémagglutinine (accumulation d'AA basiques), devenir hautement pathogènes).
Il est possible qu'un oiseau sortant d'un œuf produit lors d'une épizootie par une femelle en contact avec un virus peu pathogène voit néanmoins sa fitness (chances de survie) réduite, ce qui est le cas pour l'Homme.