Mille ans environ avant la fondation de la station Babylon 5, a eu lieu une nouvelle guerre contre les Ombres. Cette race semant le chaos, la destruction et les trahisons, et ses alliés se sont alors opposés aux Vorlons et à leurs alliés, dont les Minbaris.
Proche de la défaite après l'anéantissement de leur principale base spatiale, les Minbaris découvrent une station spatiale abandonnée dans l'Univers. Abandonné, pas tout à fait, puisqu'à l'intérieur se trouve un minbari se nommant Valen, inconnu de tous alors, pour la simple raison que ce Minbari n'est autre que Jeffrey Sinclair le premier commandant de Babylon 5, après sa "métamorphose", venu du futur pour changer le cours de la guerre et apportant avec lui la station Babylon 4. Cette station servit de nouvelle base aux Minbaris et leurs alliés pour remporter la guerre contre les Ombres mal préparés depuis la précédente guerre. Les Ombres, défaits, cachèrent leurs vaisseaux restants sur diverses planètes en les enterrant sous leur surface, attendant de reconstituer leur force pour les réveiller. Valen réforma les relations entre les Minbaris en constituant trois castes (religieuse, guerrière et ouvrière) et en assurant la représentation égale de celle-ci au sein d'un conseil de gouvernement, le Conseil gris. Les Minbaris unis ont ainsi montré l'exemple aux autres races alliées contre les Ombres.
Pendant le millénaire suivant, l'Anla'shok (les Rangers) surveille les limites de l'espace connu pour signaler le moindre signe d'activité des Ombres. Ce groupe a été créé par Valen pour unir dans un but commun les Minbaris quelle que soit leur caste.
Les guerres des Ombres sont au cœur de la série créée par Joe Michael Straczynski. Même s'il faut attendre l'épisode « Symboles et présages » (n°1.13, Signs and Portents) pour commencer à le découvrir explicitement, le téléspectateur a déjà sous les yeux des conséquences de la dernière guerre, mille ans avant les événements de la série : la Grande Prophétie des Minbaris, récits dont ceux de G'Quan, objets dangereux, le rêve de Londo Mollari, etc. Progressivement, la guerre des Ombres devient l'intrigue principale jusqu'à son dénouement dans la quatrième saison.
Straczynski dévoile au fur et à mesure les liens des Ombres avec des événements politiques précédents (la mort du président terrien Santiago, l'apparition de la Garde de Nuit, etc.). Même sur des événements anciens et essentiels de la série : dans le téléfilm Au commencement (In the Beginning), la guerre Terre-Minbari est certes causée par un incident lors du premier contact entre ces deux peuples. Mais, l'escadre minbari conduite par le Conseil gris se trouvait là pour vérifier des rumeurs sur le retour des Ombres ; et la guerre qui s'ensuit permet à Delenn de découvrir l'importance des Humains dans le conflit à venir.
Le départ des Ombres, des Vorlons et des derniers représentants des races les plus anciennes de la galaxie n'aboutit pas directement à une ère de paix. En effet, les peuples alliés des Ombres comme les Drakhs, esseulés, décident de remplacer leurs anciens maîtres et de se venger de Delenn et Sheridan. Leurs actions aboutissement à la guerre de l'Alliance interstellaire contre la République centaurie en 2262 et l'isolement de cette dernière pendant le règle de Mollari II.
Du côté des effets du départ des Vorlons figurent les télépathes, une de leurs créations pour lutter contre les Ombres. Des télépathes dissidents humains inspirés des exemples de Byron et Lyta Alexander lancent à partir de Babylon 5 un mouvement de libération des télépathes contre l'Alliance terrienne et le Corps Psi.
Enfin, l'Alliance interstellaire fondée fin 2662 par la Ligue des mondes non alignés se lance dans la longue et difficile voie de la coopération pacifique entre ses membres.