Trois à quatre fois par an, des scientifiques débarquent à Juan de Nova pour y mener des études sur les écosystèmes. L'inventaire de la biodiversité y est à peine esquissé. Tout, ou presque, reste à découvrir. Des chercheurs d'Ecomar (Laboratoire d'écologie marine) recensent et observent depuis plus de quinze ans les oiseaux marins qui tourbillonnent bruyamment au-dessus des plages de l'atoll. Ils étudient en particulier le comportement des deux millions de couples de sternes qui ont trouvé refuge à Juan de Nova pour y former la plus grosse colonie de l'Océan Indien. Avec les autres Eparses, surtout Europa, cet îlot revêt une même importance majeure pour la sauvegarde de l'avifaune à l'échelle de la planète. Pascale Chabanet de l'Institut de recherche pour le développement (IRD), explore avec d'autres scientifiques les eaux turquoises et explique :
« les récifs de ces îles désertes et isolées comme Juan-de-Nova sont préservés de toute pollution et de toute influence anthropique. Mais elles sont affectées par les changements climatiques. L'enjeu ? Utiliser ces bouts de nature primitive comme témoins et mesurer la part imputable à l'homme dans les bouleversements qui ébranlent l'équilibre de la planète. »
L'État français a attribué une autorisation de prospection pétrolière au large de l’île de Juan de Nova en mai 2005.