L'Île fut achetée par la Société Provancher d’histoire naturelle du Canada, qui en assure la conservation depuis 1929. Cette société, fondée en 1919, doit son nom à l'abbé Léon Provancher, naturaliste québécois. Elle vise « la protection et la gestion de milieux naturels, l’éducation et la diffusion des connaissances dans le domaine des sciences naturelles ». Elle chapeaute également d'autres sites naturels au Québec, dont les Îles Razades et le territoire du Kamouraska.
Depuis le 5 juillet 2001, Parcs Canada considère l'Île aux Basques comme étant un lieu historique national. Le Service canadien de la faune (SCF) lui confère également le statut de refuge d'oiseaux de l'Île aux Basques. En 2005, l'Île est reconnue comme réserve naturelle par le gouvernement du Québec. Pour la préservation de ce milieu naturel et afin de limiter les risques de pollution, les commodités ne peuvent accueillir que 28 habitants.
Pendant la saison estivale, la Société Provancher offre aux visiteurs un service de navette en provenance de la ville de Trois-Pistoles. Il est aussi possible d'y effectuer des randonnées pédestres sur les deux kilomètres de sentiers disponibles et d'y observer faune, flore et vestiges historiques - notamment les trois fours datant de l'occupation amérindienne. Des visites guidées sont suggérées par la Société afin d'éduquer jeunes et moins jeunes à l'histoire et aux phénomènes naturels de l'Île. La location de chalets fait également partie de l'éventail des services offerts aux vacanciers.