Ketty Schwartz a reçu la médaille d'argent du CNRS en 1992 et le Prix d'Honneur de l'Inserm en 2006. Elle est chevalier de la Légion d'honneur (1992) et officier de l'Ordre national du Mérite (1998).
Elle est également lauréate du prix Peter Debye « Molecular biology of cardiovascular systems : fundamental and clinical aspects », Maastricht (1994), du prix de cardiologie de la Fondation pour la recherche biomédicale de l'Académie des sciences (2000), Glorney-Raisbeck Award de la New York Academy of Medicine (2002).