En août 1943, après la chute du fascisme, il est nommé recteur de l'université de Turin, mais après l'8 septembre, à cause l'occupation du Nord du pays de la part des nazi et du retour de Mussolini au pouvoir, il fut contraint de se réfugier en Suisse. C'est là qu'il écrit les Lezioni di politica sociale, un ouvrage dans lequel il expliquait le rôle de la législation de l'État, préoccupé de soutenir l'égalité des chances en gommant les différences de points de départ, sans pour autant sacrifier les principes de l'économie de marché.
En Suisse, il réfléchit également à l'idée des États-Unis d'Europe (qu'il avait déjà imaginé dans sa jeunesse, en 1887) : pour lui, il apparut comme une évidence que l'union des peuples de l'Europe était l'unique chance de survie de l’Europe après la Seconde Guerre mondiale. Il fut ainsi un soutien important du fédéralisme européen (La Guerra e l'unità d'Europa).
Dans le laboratoire d’économie politique de Cognetti de Martis il avait appris les sciences économiques fondées sur l'analyse rigoureuse des faits. Il s'occupa ensuite de la science des finances (Studi sugli effetti dell'imposta, 1902) dans lequel on trouve des études sur les finances du Royaume de Sardaigne au début du XVIIIe siècle. Il soutint l'exemption de l'épargne par l'impôt dans le livre Intorno al concetto di reddito imponibile e di un sistema di imposte sul reddito consumato, 1912 et défendit le système du cadastre dans le livre La terra e l'imposta. Au contraire de plus important philosophe libéral italien de la période, l’hégélien Benedetto Croce, Einaudi pensait que seulement le libéralisme pouvait créer dans la vie économique les germes du libéralisme contre le fascisme et le communisme. Dans la science de l'économie fiscal il était contre la progressivité de l' impôt en valorisent les institutions traditionnelles du système tributaire italien (Miti e paradossi della giustizia tributaria, 1935). Il était même contre les idées de John Maynard Keynes et le new deal du président des États-Unis Roosevelt. Son libéralisme était fondé sur:
Il jugeait très bien la formation de les associations et il pensait que l'autorité publique ne devait jamais s'insérer dans le rapport entre les organisations ouvrières et patronales. Ses batailles pour le libéralisme naissaient pour une approche éthique avant encore qu’économique. Ses ennemis étaient:
À son retour en Italie, le 5 janvier 1945 il fut nommé gouverneur de la Banque d'Italie. Au moment du référendum du 2 juin 1946 sur la forme politique de l'Italie (République ou monarchie) il était l'homme politique plus important du Parti libéral italien en faveur de la monarchie de la Maison de Savoie (l'autre homme fort du parti - Benedetto Croce - s'était démarqué des Savoie. Le 24 mai 1946, il faisait publier dans le quotidien du parti L'Opinione un éditorial dans ce sens, intitulé Pourquoi je voterai pour la monarchie.
Le 2 juin 1946 il est élu à l'Assemblée Constituante et en 1947 il entre dans le 4e gouvernement De Gasperi en tant que vice président du Conseil, ministre du Trésor et des Finances, pour passer au Budget après quelques semaines; dans ces fonctions, il parvient à stopper l'inflation, en imposant une forte restriction du crédit et en repoussant les entrepreneurs qui abusaient de l'aide économique de l'État. Sénateur de droit à partir du 1er janvier 1948.
Le 11 mai 1948 Einaudi devient président de la République italienne, au quatrième tour de scrutin, avec 518 voix sur 871 votants ; il succédait à l'avocat de Naples Enrico De Nicola, qui depuis le 1er juillet 1946 était chef provisoire de l'Etat; son expérience au Quirinal est décrite dans le livre Lo Scrittoio del Presidente. Sénateur à vie depuis 1955. Lorsqu'il abandonna la vie publique, il continua à se confronter avec les arguments les plus importants du libéralisme dans Prediche inutili.
Luigi Einaudi était l'ami de l'économiste libéral Ludwig von Mises et il avait fait partie de l'association de libéraux Société du Mont Pèlerin avec von Mises, Karl Popper, Friedrich Hayek.
Quelque mois avant sa mort il avait reçu chez lui beaucoup d'hommes politiques libéraux italiens pour parler du libéralisme; il y avait même le juriste Bruno Leoni et l'économiste Sergio Ricossa.
Son fils Giulio Einaudi (1912-1999), éditeur, avait fondé en 1933 la très prestigieuse maison d'édition qui porte son nom. Dans l'après-guerre, Einaudi a été la première maison d'édition à publier la version intégrale en italien de la Recherche du temps perdu de Marcel Proust.