Le malathion est un produit très toxique pour les insectes utiles (coccinelles, chrysopes, aphidoletes).
La Chine reste un producteur important et a exporté 1500 tonnes de malathion en 2008.
Le malathion se décompose en malaoxon, qui est 60 fois plus toxique que le malathion. Pour cette raison, si le malathion est employé en intérieur, il peut sérieusement empoisonner les personnes vivant ou travaillant dans cet environnement. Le malathion présent dans l'eau non traitée est converti en malaoxon pendant la phase de chloration du traitement de l'eau, il ne devrait donc pas être employé dans les eaux servant de source d'eau potable.