Il se trouve sous le chœur, creusé dans la roche, c'est la grotte dans laquelle la légende situe la découverte de l'image de la Vierge par le roi García.
Dans le Panthéon reposent les restes de douze personnages royaux, appartenant au royaume de Nájera-Pampelune, sauf Bermude III de Leon.
Il s'agit d'une œuvre sculpturale du XVIe siècle, Renaissance dans sa totalité, avec quelques détails plateresques. Il est, par conséquent, assez postérieur à l'époque où ont vécu les rois, dont les restes ont été transférés plus tard dans ces sépultures.
Dans le centre, et aux deux côtés de l'entrée on trouve les tombes des rois fondateurs, de García et son épouse la reine Estefanía de Foix. À droite et gauche sont placées, entre autres, les tombes de Sanche IV le Noble, Sanche Garcés II Abarca, et de son épouse la reine Urraca (fille du Comte Fernán González), la reine Blanche de Navarre, Bermude III de León (1028-1037) et Sanche le Sage. En suivant vers le fond de la grotte, sont placées cinq autres tombes et, hors du Panthéon, quatorze autres tombes.
Dans la grotte on vénère une image assise de la Vierge de l'Alcazar en bois, de transition de romano-gothique, de la fin du XIIIe siècle ou début du XIVe.
Ce sépulcre de doña Blanca mérite qu'on s'y arrête. La descendante du Cid mourut en donnant le jour à celui qui devait être le roi de Castille, Alphonse VIII. Elle est figurée sur le sarcophage, entourée du souverain soutenu par ses serviteurs et des pleureuses. Étendue sur le lit, elle rend l'âme figurée sous la forme d'un enfant porté par les anges. Les autres faces et le couvercle représentent des scènes bibliques : Christ en majesté avec les apôtres et un chrisme, le roi Salomon, l’Épiphanie, le massacre des Innocents, et la parabole des Dix Vierges.