Le pygargue à queue blanche est une espèce liée aux milieux aquatiques (côtes maritimes, grandes rivières, lacs, etc.), soit à l'intérieur des terres, soit au bord de mer. Dans les terres, le pygargue à queue blanche se plaît au bord des lacs et des fleuves propices à la prédation, dans la toundra et dans la forêt. Sur les côtes, il fréquente les falaises rocheuses escarpées.
Son aire de répartition s'étend au Groenland, au nord de l'Europe et en Sibérie. En dehors de l'ex-URSS, trois pays accueillent une forte population de pygargues à queue blanche : la Norvège, l'ex-Allemagne de l'Est et la Pologne.
Même si actuellement les effectifs du pygargue à queue blanche sont en légère croissance, grâce à l'abandon des polluants les plus toxiques, et à sa protection dans toute l'Europe, la population dans l'UE ne dépasse pas les 600 couples. La chasse, les empoisonnements, la pollution des eaux, les prélèvements d'œufs et de poussins ainsi que la destruction et la disparition des zones humides, sont les principaux dangers qui la menacent.
Son nid, auquel il rajoute des branches chaque année, est particulièrement volumineux et construit soit au sommet d'un grand arbre soit à l'abri d'une falaise inaccessible. Chaque couple en a plusieurs qui sont utilisés à plusieurs reprises et pendant une période importante.
Le pygargue à queue blanche construit son nid à quelques kilomètres des lieux de gagnage, souvent en lisière de forêt ou à la campagne, à proximité de l'eau, dans de vieux arbres centenaires (pin sylvestre ou hêtre). Suivant la région, il peut aussi nicher sur des récifs ou des îles au large et sur les falaises.
La femelle dépose 2 à 3 œufs blancs, à intervalles de 2 à 5 jours, occasionnant ainsi des naissances échelonnées. L'incubation dure environ 35 à 45 jours, assurée par les deux parents, mais surtout par la femelle qui surveille les poussins en permanence pendant les premiers quinze jours qui suivent la naissance. A quatre semaines, ils restent seuls au nid, tandis que les adultes chassent. Ils commencent à voler à l'âge de deux mois et demi, et restent aux alentours du nid pendant deux à trois semaines. Il leur faudra encore deux mois ou plus pour devenir indépendants.