Aucune présence humaine permanente sur l'île qui n'est visitée que lors de brèves expéditions scientifiques. Entre 1850 et 1930, des tentatives d'implantation de pêcheries et de conserveries ont eu lieu, essentiellement pour l'exploitation des langoustes, très abondantes sur ces côtes. Mais elles se sont soldées par des échecs du fait de l'isolement, du manque de ressources et d'abris. La dernière tentative se finissant même en tragédie connue en France, sous le nom des "Oubliés de Saint Paul" avec la mort de dizaines de colons, essentiellement du scorbut.
En dehors des missions scientifiques, l'accès sur l'île est désormais interdit pour raisons environnementales.
Le climat est un climat océanique tempéré, marqué par l'absence de neige et de gelée mais avec un vent constant d'ouest.
L'île Saint-Paul, au même titre que l'île Amsterdam, est protégée au sein de la Réserve naturelle nationale des Terres Australes Françaises. Cette protection couvre tant l'espace terrestre que les eaux intérieures et les eaux territoriales de l'île. Elle prend la forme d'une réserve intégrale, où seules les activités liées à la recherche scientifique et technique sont autorisées.
Les eaux environnantes sont riches en poissons et en langouste (Jasus paulensis). Chaque année, le gouverneur des TAAF publie un décret indiquant zones de pêches, type et quotas de prise dans les eaux territoriales et la zone économique exclusive des îles Saint-Paul et Amsterdam. En 2005, 2 armements de la Réunion avaient le droit, en alternance et avec un bateau, d'y pêcher. La végétation se réduit à des fougères, des hautes herbes et des lichens mais aucun arbre.
On retrouve la faune habituelle des îles subantarctiques. Une population importante d'otaries (Arctocephalus tropicalis) fréquente les côtes et s'y reproduit. De nombreux oiseaux marins viennent également nicher à terre.
L'introduction de lapins mais surtout de rats, probablement arrivés avec les premiers bateaux de pêche au 18e ou au XIXe siècle a gravement déstabilisé l'écosystème, réduisant considérablement la nidification d'oiseaux. La population de rats à la fin des années 1990 été estimée entre 50 000 et 100 000 individus. Seul un gros rocher, "La quille", séparé de l'île par un bras de mer était épargné. Grâce à des fonds européens, l'île a été entièrement dératisée en 1999. Depuis, la population d'oiseaux maritimes s'est progressivement reconstituée.