L'agglomération de Besançon, du fait de sa topographie au relief accidenté et d'une taille critique insuffisante ne possède pas d'aéroport mais abrite deux petits aérodromes situés sur les communes voisines : l'aérodrome de Besançon-La Vèze à La Vèze (avec un service d'avion taxi sur toute l'Europe) et l'Aérodrome de Besançon-Thise de Thise.
Pour se rendre à Besançon ou pour la quitter par voie aérienne, les options les plus souvent retenues sont d'utiliser l'aéroport régional de Franche-Comté Dole-Tavaux (60 km) ou les aéroports internationaux de Genève (170 km), Lyon-Saint-Exupéry (220 km) ou l'EuroAirport Bâle-Mulhouse (160 km).