Les fonds de l'université sont structuré autour d'une bibliothèque centrale, de bibliothèques de campus , et de bibliothèques rattachées à des départements ou à des instituts de recherche. Au total, 28 bibliothèques gèrent un peu plus de cinq millions d'ouvrages. La liste de ces fonds est accessible par un service informatique commun, WINE.
La bibliothèque centrale est située au nord du campus principal. Elle compte environs 2,4 millions de documents, et dispose d'un espace de travail de 1 800 carrels, et de 33 cabines de visionnage pour des documents audio ou vidéo. Elle compte annuellement 1,1 million de visites.
Le musée du théâtre Tsubouchi est dédié au théâtre, et a été ouvert en 1928, et construit sur le modèle du Fortune Playhouse Shakespearien. Les fonds du musée vont d'éléments liées au théâtre et aux films, comme des affiches des films de Godzilla, jusqu'au scripts de séries japonaises comme Ultraman. Le musée comprend aussi une bibliothèque, et l'accès à l'ensemble du musée est libre.
Le musée Aizu a été ouvert en 1998, et occupe le bâtiment de l'ancienne bibliothèque principale, ouvert sur le campus principal en 1925. Il conserve les fonds du professeur Aizu, orientaliste qui enseignait à l'université au début du XXe. Les expositions temporaires se tiennent au rez de chaussé, et les fond permanents sont exposés au 1er étage.