L'IUCN a classé cette espèce en catégorie LC (préoccupation mineure), du fait de sa large répartition (estimée à 11 millions de km²) et de sa population importante (estimée à 56 millions d'individus). Il est par contre protégé, comme tous les oiseaux migrateurs américains, par le Migratory Bird Treaty Act
Dans certains États des États-Unis, comme par exemple le Michigan, les Vachers à tête brune sont piégés ou tirés afin de réduire le taux de parasitisme de couvées subi par des espèces menacées. Au début des années 1970, les populations de la Paruline de Kirtland sont au plus bas (moins de 170 couples). Commence alors en 1972, dans le Michigan, une campagne d'éradication du Vacher à tête brune. Cette campagne, conjuguée à des efforts de sauvegarde de l'habitat très spécialisé de cette paruline, a permis la stabilisation des effectifs de l'espèce en danger, puis une légère augmentation depuis le début des années 1990. Des effets positifs ont aussi été obtenus pour le Viréo de Bell, après piégeage des Vachers à tête brune dans les zones ripariennes occupées par cette espèce menacée.
Cette éradication pose toutefois des problèmes éthiques et juridiques. En effet, le Vacher à tête brune est censé être protégé par le Migratory Bird Treaty Act. De plus, ce système ne peut être qu'une solution temporaire : la sauvegarde des espèces menacées doit passer par une restauration de leur habitat d'origine, à savoir une forêt suffisamment étendue pour que le Vacher à tête brune, qui reste en lisière, ne puisse accéder aux nids. Cependant une étude a montré que l'augmentation de superficie des forêts nécessaire à cet effet est au minimum de 2 000 à 5 000 hectares pour la Paruline à dos noir, pour les seules populations du Texas.
Cette espèce fut décrite pour la première fois par Pieter Boddaert en 1783 sous le nom Oriolus ater. Il reçoit par la suite plusieurs autres noms scientifiques : Icterus pecoris par Charles Lucien Bonaparte en 1824, Molothrus pecoris par William Swainson en 1831, et Fringilla ambigua par Thomas Nuttall en 1832. C'est en 1870 que l'espèce reçoit son nom scientifique actuel, seul considéré comme valide, Molothrus ater, attribué par George Robert Gray.
Molothrus ater compte trois sous-espèces :