La thèse initiale est celle d'un accident de forage de la compagnie Lapindo-Brantas, qui aurait mal maîtrisé la décompression d'une poche d'hydrocarbure. Cette thèse de l'erreur humaine est à nouveau confirmée par une étude scientifique présentée le 12 février 2010 par Richard Davies, géologue à l'université de Durham au Royaume-Uni.
Toutefois certains géologues soutiennent que cette thèse n'est pas compatible avec les volumes de boue rejetés. Ils avancent une explication « naturelle » :
Plusieurs solutions ont été envisagées, mais aucune n'a porté ses fruits. Les ouvriers ont par exemple jeté de grosses boules de béton dans le cratère, en espérant qu'elles coulent et qu'elles bouchent le conduit. Ce projet a été abandonné car en plus d'être inefficace, il risquait de faire augmenter la pression, et de provoquer l'apparition d'autres volcans de boue dans les environs. La dernière idée en date est japonaise : construire une cheminée autour du cratère, d'une hauteur de 40 mètres, recouverte d'une sorte de toit. Les experts des autres pays restent sceptiques.