Le TER Franche-Comté est le réseau de lignes TER qui couvre la région administrative Franche-Comté.
Depuis la convention signée en 2002, et pour une durée de 5 ans, entre Jean-François Humbert, président du conseil régional de Franche-Comté et Noël Belin, directeur régional de la SNCF, le conseil régional de Franche Comté est l'autorité organisatrice des transports régionaux. Une nouvelle convention, signée le 21 décembre 2006, par Raymond Forni, président du conseil régional de Franche-Comté et Josiane Beaud, directrice régionale de la SNCF, en présence d'Anne-Marie Idrac, présidente de la SNCF, couvre la période 2007-2012.
Relations ferroviaires TER
- Axes Dijon-Dole-Besançon et Besançon-Montbéliard-Belfort : ces deux axes n'en constituent en réalité qu'un seul, dit axe Saône-Doubs. C'est l'axe structurant des déplacements en Franche-Comté. C'est le long de cet axe que passent autoroutes, canaux et voies de chemins de fer. Il regroupe 60 % du trafic de passagers du TER Franche-Comté et 60 % des recettes. La desserte de cet axe a été recomposée au service d'hiver 2005 pour donner plus de souplesse et de densité à l'offre ;
- Axe dit du Revermont : Besançon-Lons-le-Saunier-Bourg-en-Bresse. Deuxième axe par son importance du TER Franche Comté, il est en grande partie à voie unique (entre Saint-Amour et Mouchard).
- Besançon-Morteau-La Chaux-de-Fonds : cet axe a été certifié NF en 2005. L'exploitation de cet axe se fait avec des matériels X 73500 et X 2800, parfois attelés à des XR 4600. Une particularité de ces circulations est d'emprunter la côte de Morre.
- Belfort-Épinal
- Dijon-Pontarlier
- Dole-Saint-Claude : cette portion est appelée ligne des hirondelles, nom inspiré au poète par la grâce et la beauté de ses viaducs.
- Montbéliard-Belfort-Vesoul
- Morez-Bourg-en-Bresse-Lyon
Matériel roulant
En service en 2006
Matériel automoteur
- Automotrices électriques Z2 Z 9500
- Automotrices électriques Z2 Z 9600
- Autorails X 2800+ Remorques XR 6000
- Autorails X 4750
- Autorails X 73500
- Autorails XGC X 76500
- Autorails ZGC Z 27500
Locomotives pour rames tractées