En 1930, les Anglais construisent sur la bordure nord-est du golfe de Winam et sur le site de l'actuel aéroport la première piste d'atterrissage et la première aérogare, complétée rapidement par un quai de débarquement pour hydravions (l'Imperial Airways flying boat bay), dont l'échancrure dans la côte est toujours visible et, qui servit surtout durant la Seconde Guerre mondiale. La première ligne pour passagers et le courrier reliait l'aéroport à l'Afrique du Sud. Entre 1960 et 1977 les Uganda Airlines et Air Tanzania opéraient vers l'aéroport.
Durant l'année 1999, l'aéroport participe au programme alimentaire mondial de l'ONU destinée au Rwanda et à la République démocratique du Congo.
Lorsque Barack Obama Jr. (dont la famille paternelle est originaire de la région) fut élu en tant que 44 président des États-Unis d'Amérique en novembre 2008, il fut question d'allonger la piste afin de permettre au Boeing 747 Air Force One d'atterrir directement à Kisumu. Cette réalisation, qui portera la longueur de la piste à 3 300 m pour un montant de 3 082 000 000 KES (~ 31 000 000 EUR) et promise par Chirau Mwakwere, le ministre des transports kényan, devrait être terminée en juillet 2010 et permettre, non seulement, d'expédier le poisson du lac Victoria vers Nairobi par air plutôt que par route, mais aussi, de relancer l'aéroport dans une vocation internationale vers l'Ouganda et la Tanzanie.
