Cette espèce commune mais discrète est rarement en contact direct avec l'Homme, sauf dans les rares cas où des mulots entrent dans les habitations, ce qui peut se produire en milieu rural périforestier ou dans des maisons construites en forêt. Dans ces cas l'espèce peut comme la souris domestique provoquer d'important dégâts (alimentation gâtée, câblage électrique rongé...), mais elle est peu susceptible de causer des dommages significatifs aux cultures de plein champ en raison de sa dépendance au milieu forestier.
Ses yeux noirs sur-développés lui confèrent une excellente vision nocturne, mais il communique aussi par cris quand il se déplace dans les arbres, jusque dans la canopée. Ses grandes oreilles lui assurent probablement aussi une très bonne audition.
C'est un animal territorial. Son territoire (0,5 ha environ, mais exploré dans les 3 dimensions, jusqu'à la canopée) est légèrement plus grand que celui du mulot sylvestre, ce qui est logique, puisque le mulot à col jaune est un peu plus grand que ce dernier. Ceux des mâles et des femelles se chevauchent. La surface de leur territoire diminue en hiver et augmente au printemps pour le mâle.
Ce rongeur semble doué de capacité mémorielle et d'orientation importante. Une étude publiée en 1898 a porté sur les déplacement de mulots à cou jaune capturés puis relâchés dans leur environnement naturel, une partie du lot ayant été privé de la vision ou de l'olfaction. À la surprise des scientifiques, les mulots aveuglés ou privés d'olfaction ont été en mesure de s'orienter dans leurs territoires antérieurs, presque aussi efficacement que les animaux "normaux". Les mouvements d'animaux aveugles ou sans odorat étaient simplement plus concentrés dans leurs endroits antérieurement familiers.
