Les différents compartiments du sol vivant ont diverses fonctions, qui assurent le bon fonctionnement de celui-ci. Ainsi, les bactéries sont des régulatrices essentielles des équilibres gazeux et des cycles biogéochimiques du sol. Les champignons transportent des quantités importantes d’eau et de substances, participent à la dégradation de la litière et à sa transformation en humus. Quant à la faune du sol, son rôle fondamental réside dans la transformation de la matière organique et dans son action mécanique sur les sols : formation de galeries, porosité, structuration des agrégats (Lavelle et al., 2006).
Ces interactions biologiques procurent au sol une propriété d’auto-structuration, qui s’exprime à différentes échelles, allant des films microbiens jusqu’aux macrogaleries des vers de terre. Les invertébrés du sol étant qualifiés alors de groupe clé de l’organisation et du fonctionnement des sols, on parle alors d’organismes ingénieurs (Lavelle et al., 2006). La contribution de ceux-ci est multiple : incorporation de la litière au sol, protection des plantes contre certains bioagresseurs, activation sélective de l’activité microbienne, création de structure favorable à la vie du sol (incubateurs de microorganismes). En bref, l’activation biologique de certains groupes vise à dynamiser l’ensemble du système et améliorer son fonctionnement et sa production primaire.