Les buts diffèrent selon les personnages. L'alien doit retrouver sa reine, prisonnière dans le vaisseau predator, et la libérer. Le predator doit, au contraire, atteindre la loge royale alien et tuer la reine, dont le crâne constituera le trophée surpême. Le marine, enfin, doit atteindre une salle bien spécifique pour y enclencher l'autodestruction de la base, puis s'enfuir très rapidement pour rejoindre la nacelle d'évacuation d'urgence, le tout dans un temps très limité. Contrairement aux apparences, la mission alien est la plus aisée de réussir. Celle du marine requiert déjà beaucoup plus d'habileté, de prudence, et d'économie de munitions (précieuses). Quant au predator, il se doit de combattre constamment à la loyale, sous peine de voir son score baisser, et perdre ses meilleures armes si leur niveau de points requis descend en dessous du seuil minimal exigé.
Alien vs Predator est un must du genre. Il a révolutionné, rien de moins, les graphismes des jeux de tir à la première personne, ou FPS (l'abréviation anglosaxonne spécifique à ce type de jeu). Le son n'est pas en reste, même si certains peuvent regretter la présence de musique. À l'époque du cultissime Doom (également sorti sur Atari Jaguar, dont la version est également d'excellente facture pour l'époque), Alien vs Predator opposait un scénario riche et une réalisation inédite jusqu'alors. Sans oublier une jouablilité qui, sans atteindre la vitesse de Doom (le personnage de l'alien excepté) n'en demeure pas moins précise et exempte de bugs.
Le magazine CD Consoles, à l'époque de la sortie du jeu, faisait référence aux meilleurs pc du moment, concernant la performance graphique du jeu, dont la pixelisation était si réduite qu'elle frisait l'inexistence (pour les critères de l'époque, il convient de le souligner). D'autres magazines ne tarirent pas d'éloges sur le titre, y compris le magazine Joystick, en dépit de son parti pris "presque" anti-Jaguar.
Pour finir, l'alien. Il est le seul à disposer de toutes ses formes d'attaque, au nombre de trois, dès le début du jeu. Le coup de griffe, la mâchoire rétractile et le coup de queue. Bien que ne disposant que des armes utilisables au corps à corps (contrairement à toutes les armes du marine et des deux attaques longue portée du predator, les disques tranchants et le canon d'épaule), l'alien n'en demeure pas moins redoutable. En effet, il dispose de la meilleure vitesse de mobilité des trois personnages jouables. Mais face aux attaques longue portée de ses adversaires, et surtout leur nombre, doublé du fait que l'alien est aussi le seul personnage du jeu à être dans l'impossibilité de se soigner, on pourrait juger qu'il est le protagoniste le moins efficace du jeu. Il n'en est rien.
En effet, l'alien dispose d'une faculté, là encore, unique dans le jeu et dont il est le seul détenteur: la régénération. Il est capable d'incuber de force des œufs dans le corps de ses victimes (marines uniquement). Pour ce faire, il doit effectuer, à bout portant, coup de griffe, coup de queue puis à nouveau coup de griffe. Le marine est atteint, mais non tué. Il se fige en une forme de nid d'alien, hébergeant un embryon dont le développement se fait à gauche de l'écran du joueur incarnant l'alien. Lorsque l'embryon alien a atteint sa maturité de croissance dans le corps du marine, il est prêt à éclore. Cette faculté est fort précieuse lorsque l'alien succombe sous le nombre de ses ennemis ou la violence des attaques subies.
Une fois tué, la conscience de l'alien réapparait dans le corps incubé de la victime, et peut reprendre la partie à partir du lieu où cette dernière fut incubée. Cette particularité peut être qualifiée de "vies infinies" potentielles. Dans ses déplacements, l'alien emprunte aussi bien les couloirs que les conduits d'aération, mais jamais les ascenseurs. Ceci peut compliquer le repérage dans un jeu particulièrement vaste. Car, pour changer de niveau, l'alien doit emprunter les couloirs d'aération, et ne pas se tromper dans le repérage. Toutefois, un point positif concernant les conduits d'aération, l'alien ne rencontre jamais de marines dans ces lieux exigus, contrairement au marine qui lui rencontre systématiquement des aliens lorsqu'il emprunte ce type de chemin.