On espérait que cette inhibition sélective de la COX-2 réduirait les effets indésirables gastro-intestinaux mais il n’y a jamais eu de preuve concluante. Il fut révélé que l’étude originale menée par Searle (qui appartient à présent à Pfizer) et montrant une diminution de ces effets indésirables pour le celecoxib avait été basée sur des données préliminaires, les données finales ne montrant aucune différence significative entre les effets indésirables induits par le celecoxib et ceux induits par le diclofénac.
Cependant, il a été démontré que le rofecoxib (qui a depuis été retiré du marché), comparé au naproxène, induisait moins d’effets indésirables gastro-intestinaux (Bombardier et al., 2003). Cette étude, l’essai VIGOR, pointa du doigt la sécurité cardiovasculaire relative aux coxibs – une augmentation non-significative des infarctus du myocarde avait été observée chez les patients sous rofecoxib. Des données ultérieures, issues de l’essai APPROVe, ont montré un risque relatif de survenue d’événements cardiovasculaires de 1,97 contre un placebo, un résultat qui a mené au retrait mondial du Rofecoxib en octobre 2004 (voir l’article rofecoxib).