Bernard Kouchner est régulièrement cité depuis les années 2000 dans les sondages d'opinion comme une des personnalités publiques (a fortiori politiques) les plus populaires des Français, ce qui est souvent expliqué par sa présence médiatique, ses engagements humanitaires suscitant une large adhésion, ainsi que par son éloignement des combats « politiciens » (luttes d'appareil, désaccord systématique avec le camp adverse).
Sa décision de rejoindre un gouvernement de droite malgré son passé de gauche, lui a valu de nombreuses animosités à gauche, notamment dans les rangs du Parti socialiste.
Kouchner rend en 2003 un rapport pour Total, payé 25 000 € par Total, où il affirme notamment que « le recours au travail forcé est une coutume ancienne… Ayant été prévenue de cette violation des droits de l'homme, la compagnie Total exigea que ces exactions cessent. Elle s'en ouvrit à Rangoon aux dirigeants qui promirent d'intervenir et le firent… Sur place, les responsables de la compagnie française allèrent jusqu'à payer le salaire habituel aux villageois qui avaient été raflés et forcés de travailler. ». Les liaisons entre les groupes pétroliers français Total et américain Unocal avec la junte birmane, pratiquant l’esclavage et les viols sur la population, est dénoncé par les associations de défense des droits de l'homme comme la FIDH, ERI et la CISL. Ce rapport de 19 pages, réalisé par la société BK conseils créée pour l'occasion, fut utilisé pour défendre Total contre des victimes birmanes ayant porté plainte contre le groupe.
En 2008 et 2009, deux livres ont été publiés dressant chacun un portrait de Bernard Kouchner. L'un à décharge, Les 7 vies du Docteur K, de Michel-Antoine Burnier (XO éditeur). L'autre, à charge, Le Monde selon K, de Pierre Péan (Fayard).
Dans son livre publié le 4 février 2009 aux Éditions Fayard, Pierre Péan met Bernard Kouchner en cause pour des activités de conseil qu'il a eues auprès des autorités du Gabon et de la République du Congo, dans le cadre de la réforme du secteur de la santé de ces pays, et notamment pour une intervention dans le recouvrement de factures pour deux sociétés de conseil, Africa Steps et Imeda, alors qu'il était déjà nommé au Quai d'Orsay. Après des déclarations de Jean-Marie Bockel condamnant la Françafrique, Omar Bongo aurait révélé à Nicolas Sarkozy les affaires de Bernard Kouchner et obtenu la mutation de Jean-Marie Bockel dont le ministre de tutelle était Bernard Kouchner. Suite à ces révélations, le ministre a évoqué des « allégations inexactes ». À la suite du livre de P. Péan, Le Monde selon K, Arrêt sur images souligne le silence des médias sur ces affaires de conflits d'intérêts, et Arnaud Montebourg, dans un communiqué, dénonce un « ex-French doctor » qui se retrouve « dans une pénible dérive affairiste où l'argent de la Françafrique rémunère grassement le faux idéal de Bernard Kouchner », ce qui, selon lui, « achève de déconsidérer l'intéressé, en confirmant sa préférence pour l'argent et l'affairisme, plutôt que la défense de l'idéal des droits de l'homme ». Le ministre a réagi dans Le Nouvel Observateur, ce qui a déclenché une polémique médiatique. Pour Le Monde, « l'ouvrage est principalement une attaque en règle de la politique de Bernard Kouchner, sur fond de désaccord idéologique majeur exprimé par l'écrivain, en particulier sur le génocide rwandais » qui occupe en effet une grande partie du livre - mais pas autant que ce qui concerne les relations de Kouchner avec des dictateurs africains. À l'étranger, de grands journaux ont favorablement rendu compte du livre de Pierre Péan (The Guardian, The Independent, The Washington Post). Sur l'échiquier politique, la droite prend le parti du ministre des Affaires étrangères tandis que la gauche hésite après les explications de Bernard Kouchner devant les députés.
Le 25 février 2009, France Inter met en ligne sur son site l'intégralité des rapports sur les systèmes de santé gabonais et congolais effectués par Bernard Kouchner en 2004 et 2007, pour des sociétés privées tenues par ses proches. D'après France Inter, ces rapports n'ont connu aucune suite.