Chaque année est élu par les Junior-Entreprises françaises un bureau et un Conseil d'Administration qui s'occupera de gérer l'association pendant un an.
Deux Congrès Nationaux sont organisés chaque année pour les membres de la confédération. Ils ont accès à des formations variées présentées par la CNJE et par les partenaires de l'organisation (KPMG, Altran et BNP Paribas).
Au niveau régional, le mouvement est animé par des Animateurs Régionaux. La France est partagée en 8 régions ; deux Congrès Régionaux se déroulent tous les ans, dans chacune de ces régions.