Le cratère du Ngorongoro est soumis à un climat tropical caractérisé par deux saisons des pluies : la petite saison des pluies (en novembre et décembre) dont les nuages viennent du sud-est et la grande saison des pluies (mars à mai) alimentée par une mousson venant de l'océan Indien situé à l'est. Les versants les plus arrosés sont donc ceux orientés au sud et à l'est.