L'UICN considère dans sa Liste rouge que les données de connaissance sont insuffisantes pour le dauphin de Commerson.
En raison de son maintien à proximité des côtes, les morts accidentelles dans les filets sont assez fréquentes. Dans les années 1970 et 80, certains pêcheurs argentins ou chiliens tuaient et dépeçaient des dauphins pour s'en servir d'appât pour les crabes. Cette pratique a cessé.