L'église du Gesù n'est pas entièrement un type novateur d'église; en effet elle est inspirée en grande partie par San'Andrea de Mantoue construite par Alberti. Sur les plans de Nanni di Baccio Bigio, les élévations intérieures aux grandes arcades sont similaires au plan de cette église d'Alberti. Mais Vignole reprend ici le modèle simplement esthétique d'Alberti pour le transformer afin de l'adapter aux exigences de la Contre-Réforme ainsi que celles jésuitiques dans un souci de bon déroulement liturgique.
Plus tardivement, l’église reprend les plans paléochrétiens en ce qui concerne la forme. L'abandon du plan centré, circulaire ou en croix grecque tant prisé par les architectes laissera place à l'ancienne forme, plus longitudinale et beaucoup mieux dirigée, permettant ainsi une circulation plus simple ainsi qu'une meilleure vue de l’autel et une meilleure audition lors de la prédication.
Enfin et encore plus tardivement les canons esthétiques romains reviennent : on le constate au retour des frontons, ordres composites et autres pilastres et colonnes. Ajoutons à cela le rythme ternaire reprenant les arcs de triomphes, formes privilégiées de l'architecture antique.
L'architecture de cette église a été maintes fois reprise. On a d’ailleurs voulu le placer comme étant le prototype d’un style nouveau : le style jésuite. Cependant malgré le fait que l'on retrouve nombre d'églises, collèges ayant cette même organisation de l'espace parce qu'elle correspond à des besoins propres à l'ordre, le type de la façade s'est diffusé de façon large bien au-delà de la compagnie.