Le fait qu’aucune autre lignée féminine n’ait survécu depuis l’époque d’Ève semble un effet du hasard plutôt que de la sélection naturelle. Un individu féminin acquiert le titre d’"Ève" rétroactivement à travers une exceptionnelle lignée de filles : dans chaque génération de sa descendance se trouve au moins une fille donnant naissance à une autre fille. Ève ne prend possession de son « titre » que lorsque les lignées de toutes les autres prétendantes sont interrompues, la détentrice du titre n'aurait donc pas pu être identifiée par un test de son vivant.
Essentiellement, le processus hypothétique par lequel tous les lignages sauf un disparaissent est le même que celui de la dérive génétique des allèles. De même que pour la « fixation » ou la disparition de tous les autres allèles durant la dérive génétique, le processus de la fixation matrilinéaire est beaucoup plus lent et a beaucoup moins de chances de se réaliser dans une vaste population que dans une petite. Si Ève avait vécu parmi des millions d’autres femmes, il serait très improbable que les ancêtres matrilinéaires de tous les humains vivants aujourd’hui convergent vers Ève (ou autre contemporaine d’Ève).
Pourquoi la communauté d’Ève et de ses semblables aurait-elle été si petite ? Une possibilité est que la population humaine mondiale à son époque soit passée par un goulet d’étranglement. Une autre est qu’Ève ait vécu parmi une sous-population d’humains venue supplanter toutes les autres. Une version encore plus extrême de ce scénario est qu’Ève ait eu une vie très brève après quelque évènement isolant ayant causé la spéciation des Humains anatomiquement modernes. Parmi les restes de squelettes humains les plus anciens qui aient été découverts, le plus vieux à présenter des os comparables aux humains d’aujourd’hui date effectivement de l’époque à laquelle vécut Ève.
On parle parfois de l'Ève mitochondriale comme d'une Ève africaine. L'hypothèse africaine est établie sur l'examen des fossiles aussi bien que sur l'analyse de l'ADN mitochondrial. Les « arbres généalogiques » (ou « phylogénies ») édifiés sur la base des comparaisons des ADN mitochondriaux montrent que les humains vivants dont les lignages mitochondriaux constituent les premières branches de l’arbre sont les populations indigènes d'Afrique, tandis que les lignages des peuples indigènes des autres continents naissent tous de lignées africaines. Les chercheurs ont donc pensé que tous les humains vivants descendent d’Africains, dont quelques-uns ont migré hors d’Afrique pour peupler le reste du monde. Aussi, nombre de chercheurs prennent-ils le fait mitochondrial comme preuve en faveur de « l’origine unique » ou « Genèse africaine ».
La construction d’arbres généalogiques à partir des données d’ADN est cependant une science inexacte. Les critiques de la « Genèse africaine » prétendent que le fait mitochondrial peut être expliqué aussi bien, ou même mieux, par des arbres plaçant Ève plus proche des peuples d’Asie. Toutefois, depuis 2003, suite aux progrès successifs en matière d'informatique et de méthodes de détermination des arbres phylogénétiques, le nombre de ces critiques a diminué. En tout état de cause, le plus grand soutien que l’ADN mitochondrial puisse offrir à l’hypothèse de l’origine africaine ne dépend pas des arbres. C'est en effet parmi les populations africaines que l'on trouve la plus grande diversité d'ADN mitochondrial, certaines variations ne semblant exister qu'en Afrique. Cette diversité n’aurait pu s’accumuler, disent les chercheurs, si les humains n’avaient pas vécu plus longtemps en Afrique que n’importe où ailleurs. L’analyse des séquences du chromosome Y a donné également des résultats en faveur d’une origine africaine des hominiens.