Une transmission des mitochondries paternelles aux ovocytes ruinerait la théorie de l'Ève mitochondriale. À l'heure actuelle, une telle transmission n'a été observée que dans de très rares cas, chez des espèces de moule. Il s'agit donc d'une hypothèse audacieuse. Si elle s'avérait, les mitochondries ne seraient pas un marqueur matrilinéaire aussi exclusif qu’on l’avait supposé. Selon la fréquence avec laquelle la recombinaison surviendrait, il se pourrait qu’aucune Ève n’ait jamais existé. Néanmoins, les preuves à l'appui d'une telle théorie sont encore insuffisantes. Il est actuellement admis que, chez l'Homme, les mitochondries paternelles situées dans le flagelle des spermatozoïdes ne passent pas dans l'ovocyte.
Une récente découverte confirme l'origine africaine de l'Ève mitochondriale. En effet, une équipe de chercheurs de l'Université de Cambridge a publié dans la revue Nature les résultats de leur recherche sur la théorie de l'origine de l'homme. Ils sont arrivés au résultat que l'homme est effectivement originaire d'Afrique sub-saharienne.
Pour arriver à ce résultat, l'équipe du Dr Andrea Manica a combiné deux méthodes complémentaires : une étude génétique sur les différentes populations existantes et une étude phénotypique de plus de 6000 squelettes venant de plusieurs régions de la planète.
Le Dr Andrea Manica (University's Department of Zoology) explique : "... certains ont utilisé des données morphologiques pour argumenter que les hommes modernes avaient des origines multiples. Nous avons combiné nos enregistrements génétiques avec de nouvelles mesures d'un large échantillon de squelettes pour démontrer définitivement que les hommes modernes sont originaires d'une seule région au sud du Sahara en Afrique."