Le chromosome Y est l'un des deux gonosomes humains, l'autre étant le chromosome X. Les chromosomes sexuels sont l'une des 23 paires de chromosomes humains.
Le chromosome Y s'étend sur environ 50 millions de paires de bases azotées et représente de 1,5% à 2% de l'ADN total des cellules. Il peut être utilisé pour tracer la lignée parentale.
Contrairement à ce que laisse imaginer son nom, il a la même forme que les autres chromosomes (forme de X ou de H selon les interprétations).
Il fait partie du système XY de détermination sexuelle, un des deux systèmes de déterminisme sexuel lié à des chromosomes sexuels (l'autre étant le système ZW de déterminisme sexuel). Il contient des gènes qui provoquent le développement des testicules, déterminant le phénotype masculin.
Normalement chaque personne possède une paire de chromosomes sexuels dans chaque cellule. Les mâles présentent un chromosome Y et un chromosome X, alors que les femelles présentent deux chromosomes X.
La zone autour des gènes déterminant le sexe est inhibée, de telle sorte qu'aucun enjambement avec le chromosome X ne soit possible à cet endroit. Sans cela, des incohérences sexuelles apparaîtraient trop fréquemment.
C'est pourquoi seulement 5% de la longueur du chromosome Y, à proximité des télomères, peut se recombiner avec le chromosome X. Ces régions sont des relicats de l'ancienne homologie entre les chromosomes sexuels.
Beaucoup de vertébrés à sang froid n'ont pas de chromosomes sexuels. S'ils ont des sexes différenciés, ceux-ci sont déterminés par l'environnement et non par les gènes. Pour certains, en particulier des reptiles, le sexe dépend de la température d'incubation. D'autres sont hermaphrodites.
On peut penser ainsi qu'avant que le chromosome Y n'apparaisse, il en était de même pour toutes les espèces.
Les chromosomes X et Y dérivent de chromosomes reptiliens (les protochromosomes X et Y) qui sont apparus il y a 300 millions d'années. Un des gènes a muté et est devenu le gène SRY. Le chromosome Y étant isolé, il ne peut bénéficier à la différence du chromosome X de réparation selon le mécanisme de recombinaison homologue au cours de la mitose (il possède son propre mode de réparation qui s'appuie sur les séquences répétées de ses gènes ou amplicons, lui permettant une auto-recombinaison en "interne").
Les états suivants sont dus à des modifications de la structure ou du nombre de copies du chromosome Y.