L'incinération ne fait pas disparaître les déchets, elle les transforme en :
La composition de ces fumées dépend directement de la composition des déchets. On retrouve principalement les éléments suivants :
Hormis les polluants de la dernière ligne, le reste des gaz est mesuré en continu en amont et en aval du traitement des fumées. L'efficacité est donc directement mesurable. En revanche, et en l´absence de décrets plus contraignants et d´une technologie fiable (un procédé semble exister, voir l’article sur en:AMESA), les autres polluants ne sont pas mesurés en continu. Ils sont donc traités par l'injection de charbon actif, et, régulièrement, une mesure est effectuée par un organisme de contrôle.
Après que l'on ait montré dans les années 1970-1990 une large contamination de l'environnement par les métaux lourds et les dioxines émis par les premières générations d'incinérateurs, la réglementation, au moins dans les pays riches, leur a imposé des normes et contrôles de plus en plus contraignants. Aujourd’hui, l´incinération (tous procédés confondus) ne représente plus qu’environ 3% des émissions de dioxines.
Chaque nouveau projet d'installation doit maintenant comporter une étude d'impact du projet sur l'environnement avant d'être autorisé à exploiter. De plus, de nombreuses unités en fonctionnement affichent sur internet leurs résultats de mesures de polluants. On a peu-à-peu pris conscience de la toxicité des fumées des incinérateurs contenant des dioxines et des furanes et interdit par exemple le mélange des cendres avec les résidus solides après combustion (mâchefers) dont la réutilisation est dans un nombre croissant de pays désormais soumise à des conditions plus ou moins contraignantes et respectées.
Les coûts de l'incinération peuvent varier sensiblement d'un projet à un autre, selon les hypothèses économiques (montage financier de la collectivité pour rembourser l'investissement), choix et performance du mode de valorisation énergétique (la vente d'énergie apporte des recettes significatives, jusqu'à 15-20 euros la tonne de déchets traités), existence ou non d'une valorisation des mâchefers (la mise en décharge des mâchefers coûte souvent plus cher que leur valorisation en technique routière) et les choix techniques. Les coûts de traitement par incinération sont globalement comparables, voire légèrement supérieurs, à ceux de la mise en décharge. Il existe de très fortes disparités locales, aussi bien pour les installations de stockage (les prix peuvent varier entre 30 et 120 €/t) que pour les incinérateurs (entre 50 et 120€/t). La structure du coût de traitement (amortissement de l’investissement, charge d’exploitation, recettes énergétiques) est également différente, l’incinérateur par exemple nécessitant pour le maître d’ouvrage un investissement initial important pouvant représenter selon les cas la moitié du coût de traitement. Le choix du mode de financement de l’investissement (fond propre, emprunt…) et le montant des subventions a enfin un impact direct sur le coût de traitement.