Selon un responsable du gouvernement américain, qui s'est exprimé sous couvert de l'anonymat, les talibans pakistanais préparent des attaques contre des humanitaires étrangers présents dans le pays. Les ONG présentes sur place ont cependant indiqué qu'elles n'avaient encore subi aucune attaque et ont précisé qu'elles étaient satisfaites de la protection offerte par l'armée pakistanaise. Les forces américaines ont également précisé ne pas avoir rencontré de problèmes de sécurité jusqu'ici (26 août).
Le président et le Premier ministre pakistanais ont prévenu que les insurgés islamistes profiteraient de cette occasion pour tenter de déstabiliser davantage le pays. Ceux-ci pourraient également profiter du désarroi et de la colère de la population pour recruter des combattants. Ceci pourrait être notamment le cas dans la vallée de Swat, région très durement touchée et dans laquelle l'aide tarde à arriver. La vallée avait fait l'objet d'opérations militaires de l'armée pakistanaise en 2009, qui avait délogé les talibans qui occupaient la zone. Les quelques efforts de développement que les autorités avaient commencé dans la région ont été détruits par les inondations.
Durant les inondations, les attentats continuent dans le pays. Le 23 aout, trois attentat font près de 40 morts dans le nord-ouest du pays. Face à l'ampleur de la catastrophe, beaucoup d'analystes s'étendaient à ce que l'armée diminue la pression contre les insurgés islamistes. Le président Zardari promet pourtant que la campagne militaire dans le nord-ouest du pays ne baissera pas d'intensité. Les combats continuent en effet, avec environ 50 talibans pakistanais tués en Orakzai à la fin du moi d'août, dans le cadre d'une offensive lancée en mars 2010. Le 1er septembre, 60 insurgés présumés sont tuées dans des bombardements dans l'agence de Khyber. Le 2 septembre, un triple attentat contre la minorité chiite tuent 35 personnes à Lahore, et le lendemain un nouvel attentat contre un rassemblement chiite tue 73 personnes à Quetta. Les deux attaques sont revendiquées par le TTP. Le 8 septembre, Michael LeFever, chargé de l'assistance militaire américaine au Pakistan, indique que l'armée pakistanaise a en effet maintenu sa pression sur les insurgés.