Les missions de l'Institut sont fixées par l'article R1132-13 du code de la défense
Les auditeurs admis à suivre les sessions nationales et régionales de l'institut sont désignées par arrêté du Premier ministre. Ils sont recrutés dans tous les secteurs d'activité (civils, administration publique et armée), pour environ un tiers de chaque catégorie. Il faut faire acte de candidature pour être admis à l'une de ces sessions. Les auditeurs peuvent ensuite continuer de parfaire leur réflexion et partager leur expérience lors de cycles thématiques proposés localement.
La session nationale (une par an) comprend environ 90 auditeurs, à la suite d'une sélection nécessairement plus rigoureuse que pour les quatre sessions régionales qui se déroulent localement chaque année.
Il existe également des sessions dites « séminaires jeunes » réservées aux 20 - 30 ans et "master" pour les étudiants de deuxième cycle suivant une formation dans le domaine de la défense ou des relations internationales. Les auditeurs jeunes se retrouvent au sein de l'ANAJ-IHEDN.
Un cycle de séminaires est spécifiquement orienté vers l'intelligence économique
L'IHEDN se développe aussi à l'international depuis les années 1980 et organise diverses sessions internationales, d'abord vers l'Afrique, puis vers les pays d’Europe centrale, orientale et balte et les pays membres, associés et observateurs de l’UEO.
Une fois titularisés, les auditeurs rejoignent, en fonction de leur implantation géographique, des associations régionales d'auditeurs de l'IHEDN. Ces associations sont le prolongement de la sensibilisation initiale et permettent de travailler sur les thèmes phares de l'IHEDN, généralement au sein de commissions thématiques et de se perfectionner (conférences, voyages d'étude, etc.). Les travaux finalisés sont présentés aux autorités militaires et civiles régionales et une synthèse est transmise à l'IHEDN. Les activités des membres de l’association sont totalement bénévoles.
Peuvent être admis aux travaux des associations régionales, outre les titulaires, par exemple les participants à un séminaire « Jeunes » ou à un séminaire « Intelligence économique », les anciens auditeurs du Centre des hautes études de l'armement (CHEAr), des correspondants-experts ou des candidats aux futures sessions.
Les trente deux association régionales d'auditeurs, notamment, sont réunies dans l'UNION-IHEDN. Cette dernière édite une revue bimestrielle « Défense. Enjeux de défense et de sécurité civils et militaires ».