Depuis 1968, Watson fut à la direction du Cold Spring Harbor Laboratory, situé sur l'île de Long Island dans l'État de New York et à proximité duquel il a établi sa résidence depuis 1974. A partir de 1994, la direction du centre fut assurée par Bruce Stillman qui, en 2003, remplaça au poste de président Watson nommé chancelier.
Watson fut directeur du projet génome humain de 1988 à 1992. Il quitta ce poste à la suite d'un différend avec l'organisme de tutelle, les NIH, portant sur son refus de voir breveter les séquences du génome humain. Néanmoins, en reconnaissance de son œuvre scientifique, il deviendra le premier être humain dont l'intégralité du génome fut séquencé. Il reçut lors d'une cérémonie le 31 mai 2007, un DVD portant son génotype qu'il a depuis fait mettre en accès libre sur son site web [3].
James Watson est lauréat de la médaille Copley en 1993.
Il déclara en 1997 à un journal britannique qu’« une femme doit pouvoir avorter si son enfant est testé homosexuel », puis s'était ravisé suite au mouvement de polémique soulevé dans le monde entier.