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Liste des principales îles
Par superficie
| | Nom | Groupe | Superficie (km²) | Remarques |
| 1 | Nouvelle-Guinée | Moluques | 829 200 | L'île est partagée avec la Papouasie-Nouvelle-Guinée. La Papouasie occidentale, la partie indonésienne, couvre 421 981 km² |
| 2 | Bornéo | Grandes Sonde | 725 500 | L'île est partagée avec la Malaisie et Brunéi. Le Kalimantan, la partie indonésienne, couvre 539 460 km² |
| 3 | Sumatra | Grandes Sonde | 425 000 | |
| 4 | Sulawesi | Grandes Sonde | 174 600 | |
| 5 | Java | Grandes Sonde | 126 700 | |
| 6 | Timor | Petites Sonde | 30 777 | L'île est partagée avec le Timor oriental. La partie indonésienne couvre 15 770 km² |
| 7 | Halmahera | Moluques | 17 780 | |
| 8 | Seram | Moluques | 17 148 | |
| 9 | Sumbawa | Petites Sonde | 15 448 | |
| 10 | Flores | Petites Sonde | 14 300 | |
| 11 | Yos Sudarso | Moluques | 11 600 | |
| 12 | Bangka | Grandes Sonde | 11 330 | |
| 13 | Sumba | Petites Sonde | 11 153 | |
| 14 | Buru | Moluques | 9 505 | |
| 15 | Bali | Petites Sonde | 5 561 | |
| 16 | Lombok | Petites Sonde | 5 435 | |
| 17 | Madura | Grandes Sonde | 5 290 | |
| 18 | Belitung | Grandes Sonde | 4 800 | |
| 19 | Buton | Grandes Sonde | 4 200 | |
| 20 | Nias | Grandes Sonde | 4 064 | |
| 21 | Siberut | Grandes Sonde | 3 810 | |
| 22 | Wetar | Moluques | 3 600 | |
| 23 | Yamdena | Moluques | 3 100 | |
| 24 | Waigeo | Moluques | 3 060 | |
Par zone géographique
Grandes îles de la Sonde
- Bornéo, divisée entre l'Indonésie, la Malaisie et Brunéi
- Célèbes et îles rattachées :
- Buton
- Sangir
- Îles Talaud
- Îles Togian
- Îles Tukang Besi
- Selayar
- Java et îles rattachées :
- Bawean
- Îles Kangean
- Madura
- Îles Karimun Jawa
- Îles Seribu
- Sumatra et îles rattachées :
- Bangka
- Belitung
- Enggano
- Îles Banyak
- Îles Mentawai (dont Siberut)
- Nias
- Archipel de Riau (Batam, Bintan, Karimun, îles Lingga, îles Natuna)
- Simeulue
Petites îles de la Sonde
-
- Archipel d'Alor
- Bali
- Florès
- Komodo
- Lombok
- Palu'e
- Roti ou Rote
- Solor
- Sumba
- Sumbawa
- Timor, divisée entre l'Indonésie et le Timor oriental
Moluques et Nouvelle Guinée
- Moluques :
- Ambon
- Îles Aru
- Îles Babar
- Bacan
- Îles Banda
- Îles Barat Daya
- Buru
- Halmahera
- Haruku
- Îles Kai
- Îles Leti
- Makian
- Morotai
- Saparua
- Seram
- Îles Tanimbar
- Ternate
- Tidore
- Waigeo.
- Nouvelle-Guinée, divisée entre l'Indonésie et la Papouasie-Nouvelle-Guinée
- Îles rattachées :
Archipel de Riau
- Île de Batam
- Île de Bintan
- Île de Penyengat