Le 11 septembre 2001, l’hôtel était complet avec plus de 1 000 clients. De plus, une association nationale de commerce (National Association for Business Economics ou NABE) y tenait sa réunion annuelle.
Lorsque le premier avion s’écrasa dans la tour nord (1 WTC), le train d’atterrissage de l’avion s’écrasa sur le toit du Marriott hotel. Les pompiers utilisaient l’hôtel comme base de départ pour atteindre les deux tours voisines. Ils évacuèrent également les clients de l’hôtel. Selon les pompiers qui participèrent à l’évacuation, le toit était couvert de plusieurs corps de personnes ayant sauté des tours où les avions se sont écrasés. L’effondrement de la tour sud détruisit la moitié de l’hôtel (dégâts visibles dans le documentaire 9/11) et l’effondrement de la seconde tour termina le travail de destruction.
L’hôtel fut donc détruit par l’effondrement des deux tours. Deux employés de l’hôtel furent tués et deux douzaines de clients ne furent pas retrouvés. Beaucoup de pompiers situés dans l’hôtel furent également tués.
L’hôtel ne doit pas être confondu avec l’autre hôtel Marriott, situé un pâté de buildings plus au sud sur West Street. Le New York Marriott Financial Center Hotel fut seulement légèrement endommagé le jour de l’attentat de 2001 et il reste toujours en activité aujourd’hui. Il ne doit également pas être confondu avec le Millennium Hilton Hotel situé sur le côté oriental du World Trade Center car celui-ci, bien que légèrement endommagé, est toujours aussi en activité de nos jours.