Après les hyménoptères, il se consacre à l'étude des coléoptères, spécialement les cicindèles et carabiques du globe, groupes auxquels il se consacrera pendant le reste de sa vie. Il en réunit une collection très complète et leur consacre régulièrement des publications scientifiques. Son statut est celui d’un amateur, mais il semble qu’il ait envisagé une carrière professionnelle. En tout cas, il rédige en 1895 une notice de travaux scientifiques. Peut-être espérait-il que Künckel d’Herculais succède à Blanchard, ce qui aurait libéré un poste d’assistant auquel lui-même aurait pu être candidat. Mais l’affaire tourna court : le poste de Professeur échut à Émile Bouvier, et Maindron ne fut jamais nommé au Muséum. Cet épisode joua un certain rôle dans la méfiance que, tout le reste de sa vie, il montrera vis-à-vis de l’établissement et de certains membres de son personnel.
Dans l’œuvre littéraire de Maurice Maindron, partagée entre des récits historiques placés pour la plupart à l’époque des guerres de religion, et quelques autres textes souvent d’inspiration exotique et situés dans les contrées d’Asie qu’il affectionnait, un seul ouvrage est qualifié de « roman moderne » et semble bien, au moins en partie, autobiographique : L’Arbre de Science, publié en 1906 mais dont l’action paraît se situer en 1898-1899. Pour les naturalistes, ce texte est un classique, car il est le seul roman qui ait jamais été consacré au Muséum. L’intrigue en est simple : elle décrit l’ascension irrésistible d’un jeune arriviste, Lionel Gauguet, aide-naturaliste, qui parvient, grâce à ses appuis politiques et mondains, et en usurpant les travaux d’autrui, à obtenir à l’âge de vingt-sept ans la chaire de mammalogie de l’ « Institut zoologique » (où l’on peut reconnaître le Muséum, plus précisément la Galerie de Zoologie, ouverte en 1889). Chemin faisant, le roman brosse de toute la société de l’époque un tableau pittoresque, centré sur le Muséum d’Histoire naturelle, ses laboratoires, ses cours et démonstrations, ses professeurs, assistants, préparateurs et « voyageurs-naturalistes ». Maindron faisait partie de ses derniers, dont il décrit précisément le statut professionnel et social. Au passage aussi, le roman offre un certain nombre de croquis du plus haut intérêt, comme les séances de la « Société carcinologique » (c’est-à-dire la Société entomologique de France), avec ses figures d’amateurs à la fois ridicules et familières ; comme aussi, dans un genre plus grave, plusieurs scènes où l’auteur dépeint le manque de scrupule et la bassesse de certains personnages, prêts à tout pour nuire à leurs adversaires, réels ou supposés, et pour « arriver » . En somme, L’Arbre de science offre un témoignage unique, même s’il est déformé et brouillé par les obsessions et les rancunes de son auteur, de ce que pouvaient être, il y a cent ans, le Muséum, ses enjeux, ses pratiques et ses hommes — célèbres ou complètement oubliés.
Grâce à son activité littéraire, Maindron se fit apprécier de José-Maria de Heredia, l’illustre auteur des Trophées (1893), dont le rapprochait aussi un goût commun pour l’érudition, pour la Renaissance, ainsi que pour les armes et armures. Il sut aussi plaire à l’aînée des trois filles du poète, Hélène-Élisabeth de Heredia (1871-1952), qu’il épousa en 1899. Ses deux beaux-frères étaient Henri de Régnier et Pierre Louÿs. À partir de ce moment, on devine un changement dans la fortune de Maindron. Il est possible que José-Maria de Heredia ait tenu à doter convenablement sa fille aînée, et cela malgré une impécuniosité chronique, encore accentuée par les dettes de jeu. En tout cas, le jeune ménage s’installe dans un vieil hôtel du quai Bourbon, où Maindron peut déployer sa bibliothèque, ses collections d’insectes, d’armes et d’objets d’art. Sa vie devient plus brillante. En 1900, il est nommé chevalier de la Légion d’Honneur.