En 1910, il s’en fallut de peu que Maindron ne soit élu à l’Académie française; mais Heredia, mort en 1905, n’était plus là pour appuyer sa candidature. Il est probable aussi qu’Edmond Perrier (1844-1921), directeur du Muséum, membre de l’Académie des Sciences, très puissant à l’Institut, et qui ne pardonnait pas à Maindron de l’avoir férocement caricaturé dans L’Arbre de science sous le nom de Mirifisc, ait joué un rôle dans cet échec. Maindron trouva une certaine consolation, la même année, dans son élection à la présidence de la Société entomologique de France, qui lui causa — dit son biographe — « une joie réelle ».
Il mourut l’année suivante, peut-être des suites d’une maladie contractée sous les tropiques. Sa collection d’insectes est conservée au Muséum national d’histoire naturelle (service d’Entomologie).