Pendant la Seconde Guerre mondiale le MS.406 fut commandé ou utilisé aussi par les pays suivants :
9 MS.406 [MS-601/605 et MS-608/611] supplémentaires et 2 MS-410 [MS-606/607] furent livrés en caisse par l’Allemagne entre les 18 décembre 1940 et 4 janvier 1941. À ces « prises de guerre » s’ajoutèrent 7 MS.406 [MS-613, MS-619/20, MS-622/23 et MS-625/626] et 8 MS.410 [MS-612, MS-614/618, MS-621 et MS-624] supplémentaires en 1941. 29 nouveaux MS.406 furent achetés en Allemagne le 16 juillet 1942 [MS-627/655] et deux appareils complémentaires [MS-656/657] furent livrés fin 1942. Le [MS-310] fut modifié localement en MS.410. Les appareils fournis par l’Allemagne permirent d’équiper deux nouvelles escadrilles, les LeLv 14 et 1942 et LeLv 34 en 1943. Entre 1941 et 1944 les trois unités finlandaises utilisant des Morane ont totalisées 121 victoires, pour la perte de 18 appareils seulement en opérations. La dernière victoire fut enregistrée le 6 août 1944, un Bell P-39 Airacobra victime du [MS-609] piloté par le 1.Lt M. Niinimäki du TLeLv 14. Ces avions restèrent en service jusqu'au 11 septembre 1948, mais ne furent ferraillées que 4 ans plus tard.
Fin août 1939, au moment de la mobilisation, 572 MS-406 équipaient 12 Groupes de Chasse de l’Armée de l’Air :
Dès le début de la Drôle de guerre, le « Meilleur chasseur du monde » se montra dépassé : outre les problèmes de radiateur, les commandes de tir des mitrailleuses gelaient au-dessus de 5 000 m et la vitesse du monoplace français était insuffisante pour rattraper les bimoteurs allemands de bombardement ou de reconnaissance. Mais les pilotes appréciaient leur monture, qui rivalisait face au Bf 109D tant par son excellente maniabilité que par l’entrainement très supérieur des pilotes français. Mais face au Bf 109E , apparu fin 1939, les pilotes français ne pouvaient plus compter que sur la capacité du Ms.406 à encaisser les coups, et à revenir à la base malgré d'importants dommages.
Le 10 mai 1940 on trouve les unités suivantes sur Ms.406 :
Au cours de la Campagne de France, les Ms 406 remportèrent 191 victoires confirmées, plus 89 qui ne purent être homologuées. Environ 150 appareils furent abattus par la DCA ou en combat aérien et 300 autres disparurent, abandonnés lors des replis ou détruits par les bombardements de la Luftwaffe.
Le GC I/6 étant dissous le 30 octobre 1940, l’Armée de l’Air d’Armistice ne conserva en Métropole que 6 groupes de chasse monoplace sur Bloch MB.152 et en Afrique du Nord 6 groupes de chasse monoplace sur D.520 et Curtiss H-75. Le GC I/7 stationné à Rayack, Syrie, et l’EC 2/595 (9 avions) basée à Bach Maï, Tonkin, étaient les deux seules unités de première ligne utilisant des MS.406. Une petite partie des appareils disponibles après la dissolution des unités de Métropole permirent la création d'une escadrille à Madagascar, d'autres appareils étant également utilisé en école.
Durant l’incident de Lang Son (du 22 au 25 septembre 1940), un MS.406 fut gravement endommagé par des Ki-27 japonais alors qu’il escortait des Potez 25TOE et le Sgt Labussière abattit un bombardier japonais. cette victoire est annulée officiellement pour éviter tout incident diplomatique majeur avec le Japon.
En septembre 1940 éclata la Guerre franco-thaïlandaise. Le 10 octobre 7 MS.406 sont envoyés à Tourane pour former une nouvelle escadrille de chasse, l’EC 2/596. La première mission de guerre a lieu le 23 novembre. Le 18 janvier 1941 l’Armée de l’Air en Indochine ne disposait plus que de 14 Morane. Les combats cessèrent le 28 janvier 1941, avec 4 victoires françaises pour 2 MS.406 détruits au sol par un bombardement. Les Morane-Saulnier furent réformés en 1942 faute de rechanges.
Le 15 mai 1941 les Britanniques attaquèrent les terrains d'aviation du Levant. Les pilotes français donnèrent la chasse aux Gloster Gladiator et autres Fairey Fulmar de la RAF, mais surtout appuyèrent les forces terrestres jusqu'à la capitulation. Après ralliement aux Forces françaises libres, le GC I/7 fut dissous et remplacé le 15 septembre 1941 par le Groupe de Chasse 1 Alsace. Il disposait de 14 MS.406 (2 inutilisables) et 6 appareils divers. Toujours basé à Rayack, il assura la défense des côtes libanaises, jusqu'à remplacement des MS.406 à bout de souffle par des Hurricane Mk I en aussi mauvais état en janvier 1942.
Le 5 mai 1942 l’Escadrille 565 disposait à Tananarive-Ivato de 17 ou 18 MS-406, dont 11 disponibles, y compris un détachement permanent à Diégo Arrachart. Ils firent le coup-de-feu contre les troupes britanniques, puis sud-africaines. Ils ont donc été les derniers à participer à des opérations aériennes sous les cocardes françaises.