La naturopathie est considérée avec scepticisme pour sa dépendance ou son association avec des traitements médicaux alternatifs non prouvés, réfutés et controversés, ainsi que pour ses fondements qui reposent sur le vitalisme. Comme avec les autres médecines non-conventionnelles, il y a un risque d'erreur de diagnostic. Un niveau de formation élevé est un facteur de réduction de ce risque.
Il existe également un risque que les maladies qui ne peuvent être diagnostiquées par des naturopathes ne soient pas traitées pendant que le patient essaye le programme conçu par leur naturopathe. Certaines « spécialités » de la naturopathie, comme l'homéopathie et l'iridologie, sont considérées par certains, notamment les épistémologues, comme des pseudo-sciences, car ne reposant pas sur une démarche scientifique de nature hypothético-déductive mais sur une approche analogique, voire du charlatanisme. Les méthodes ou produits naturels ne sont pas forcément plus sûrs ou plus efficaces que ceux qui sont artificiels ou synthétiques, tout traitement capable de susciter un effet peut aussi avoir des effets secondaires délétères.
Pour Stephen Barrett (Quackwatch, National Council Against Health Fraud), la philosophie de la naturopathie est simpliste et ses pratiques sont truffées de charlatanisme.
KC Atwood écrit, dans la revue Medscape General Medicine, que les médecins naturopathes ont maintenant la prétention d'être des médecins de premier soin, compétents à la fois dans la pratique conventionnelle et naturelle; cependant leur formation ne contient qu'une petit fraction de celle de la médecine conventionnelle. Un examen de leur littérature révèle que celle-ci regorge de pratiques pseudo-scientifiques, inefficaces, contraires à l'éthique et potentiellement dangereuses.
Selon Arnold S. Relman, le Textbook of Natural Medicine est insuffisant comme outil d'enseignement car il omet de mentionner ou de traiter en détail de nombreuses affections courantes, il met l'accent sur des traitements qui ne seraient probablement pas efficaces au détriment de ceux qui sont reconnus et il fait la promotion de remèdes non prouvés à base de plantes médicinales, au détriment des produits pharmaceutiques. Il conclut que les risques encourus pour de nombreux malades sollicitant des soins d'un naturopathe ne l'emportent largement pas sur les éventuels avantages.
D'après D. Léaud-Zachoval, s'agissant d'une approche de terrain, le naturopathe n'est pas censé administrer des traitements curatifs. Il renforce par l'hygiène de vie et l'alimentation, les défenses naturelles de l'organisme, favorise l'élimination des surcharges humorales et participe par son action à améliorer le terrain du patient. La naturopathie ne se substitue pas au traitement médical, elle le complète par une approche qui n'est pas symptomatique.
En mai 2006, ce métier n'est pas réglementé et son exercice est libre en France. En Australie, la naturopathie, est reconnue par l'État et a sa propre école . Le diplôme s'obtient après trois années d'études. Médecins et naturopathes collaborent ensemble dans le traitement du patient. En Allemagne, le statut de Heilpraktiker praticien de santé est réglementé par la loi "Heilpraktikergesetz" (HPG) datant initialement de 1939. Environ 20000 Heilpraktikers sont dénombrés en Allemagne, dont les trois quart travaillent à temps partiel.
Depuis la Résolution Européenne (Collins & Lannoye) du 29 mai 1997, la naturopathie fait partie des médecines non conventionnelles pour lesquelles les états membres sont invités à s'accorder en termes d'évaluation, enseignement et réglementation des professionnels. La naturopathie est dite "médecine traditionnelle occidentale" pour l'OMS.