Le nycthémère, ou nyctémère, (du grec nukhthêmeron, mot composé à partir de nux, nuktos, « nuit », et hêmera, « jour ») est un terme technique utilisé en physiologie et en médecine, ou en science vétérinaire ou en écologie pour désigner une alternance d'un jour et d'une nuit et correspondant à un cycle biologique de 24 heures.
Ce cycle correspond chez la plupart des espèces complexes à une période de veille et une période de sommeil correspondant respectivement à un jour et à une nuit pour les espèces diurnes, et à l'inverse pour les espèces strictement nocturnes.
L'adjectif en rapport est nycthéméral.
On parle pour les espèces vivantes de rythme nycthéméral et de cycle nycthéméral. Ces cycles sont régulés par les variations rythmiques et naturelles de luminosité (intensité, durée du jour), avec parfois une influence de la température.
Ces cycles ne doivent pas être confondus avec la notion de rythme circadien, qui n'est caractérisé que par sa durée (24 +/-2h).
Le rythme circadien peut par exemple concerner des individus isolés du monde extérieur, ou des espèces vivant dans les grandes profondeurs terrestres ou marines.
De nombreuses espèces, même considérées comme diurnes (lapin, lièvre, canard colvert..) se nourrissent essentiellement de nuit, y compris sous l'eau. Sous l'eau ce temps de nourrissage correspond aussi au pic de dérive planctonique et des jeunes poissons.
On a récemment découvert que dans les cours d'eau, la temporalité du comportement de recherche de proies correspond naturellement - chez les prédateurs étudiés - aux périodes de dérives observées chez leurs proies. Une étude (INRA) portant sur la truite a par exemple conclu à de bonnes corrélations entre le rythme d'activité (et de dérive) des invertébrés aquatiques et le rythme d'alimentation de la truite. Ainsi la truite se nourrit-elle essentiellement à la tombée de la nuit puis en début de matinée (en ingérant quotidiennement une ration alimentaire correspondant à 6% de son poids sec).
On a récemment constaté qu'en milieu aquatique, ce rythme naturel influait fortement les petites migrations quotidiennes (déplacement horizontaux et verticaux, appelés Migration verticale) et l'activité de certaine espèces planctoniques tels que les daphnies, d'autres invertébrés aquatiques et organismes zooplanctoniques) et même des poissons.
Les rythmes circadiens pouvant aussi varier avec l'âge de l'alevin et le juvénile, par exemple chez les cyprinidés dont le sandre étudié dans le Rhône.
Chez certaines de ces espèces, la lumière de la lune peut aussi interférer avec ce cycle ; divers invertébrés aquatiques (dytique par exemple) ont une activité et une mobilité inhibée par la lumière lunaire, d'autant plus qu'on est proche de la pleine lune et que le ciel est dégagé.
Une hypothèse explicative, encore à prouver, est que pour un grand nombre d'espèces, les déplacements dans le noir total exposeraient visuellement moins les proies à leurs prédateurs, et que dans le noir total, les prédateurs nocturnes sont également moins exposés à leurs super-prédateurs. De plus, le prédateur s'il a plus de chance de repérer ses proies sous un faible éclairage (lune ou luminaire) a également plus de risque d'être repéré par ces mêmes proies. Les prédateurs (hormis ceux qui sont adaptés à la chasse en environnement nocturne tels que par exemple les chauve-souris équipée d'un système d'écholocation des proies à l'aide d'ultrasons, certains félins dotés d'une bonne audition et d'une bonne vision nocturne ou certains serpents chassant à l'odeur et repérant les infrarouges). La mélatonine est l'hormone qui semble contrôler l'activité des espèces selon ce rythme.
Certains de ces rythmes de déplacements sont depuis longtemps connu des braconniers, pêcheurs et chasseurs qui les exploitent pour mieux capturer certaines espèces (civelle et anguille par exemple). Ces rythmes de déplacements pourraient aussi avoir une importance pour la lutte contre certains parasites et pathogènes véhiculés par des invertébrés aquatiques (paludisme, onchocercose...).
Remarque : quelques espèces de champignons (myxomycètes) ou organismes végétaux (algues munies de flagelles) peuvent aussi se déplacer activement, de jour ou de nuit. La lumière a également une influence sur leur activité.