Le terme maladie cryptogamique est utilisé pour les maladies parasitaires causées par un ou des champignons microscopiques. Ce terme est resté même si certains des micro-organismes responsables ne sont plus classés parmi les champignons.
Des pratiques possibles dans certains cas :
C'est le recours aux fongicides ou auxbactéricides (antibiotiques). La lutte chimique contre les maladies cryptogamiques remonte à la fin du XIX° siècle avec la découverte de l'action du cuivre contre le mildiou de la vigne. Pour bénéficier de l'activité des sels de cuivre sans trop nuire à la culture (phytotoxicité) l'utilisation de la bouillie bordelaise (sulfate de cuivre neutralisé à la chaux) se généralisa dès le début du XX°siècle. Rapidement apparurent des bouillies bordelaises industrialisées, c'était le début du développement de l'industrie phytosanitaire qui depuis n'a pas cessé de mettre au point de nouvelles formulations associant diverses matières actives mises au point par la recherche des grands groupes de la pharmacie pour la plupart.
Vers 1950 apparurent les premières molécules de synthèse qui permirent d'améliorer les produits disponibles. Des carbamates (zinèbe, manèbe, mancozèbe...)des phtalimides (captafol, folpel...)furent utilisés seuls ou associés à des sels de cuivre. Ces produits faciles d'emploi constituent la première génération des grandes spécialités anti-mildiou (Cuprosan, Trimiltox, Moloss sont des noms commerciaux fort connus des viticulteurs). Il fallut attendre les années 1970 pour que des matières actives nouvelles permettent de s'affranchir des contingences climatiques, elles sont pénétrantes (cymoxanil) ou systémiques (anilides, phosétyl-al). Elles permirent de développer le concept de lutte raisonnée, les traitements peuvent maintenant intervenir en fonction de l'évolution des parasites.
De nos jours, toutes les productions agricoles intensives (grandes cultures, arboriculture, cultures légumières) ont recours à des applications de fongicides pour protéger leur potentiel. Dans le cadre de systèmes de lutte raisonnée, le producteur définit un itinéraire cultural avec un objectif de rendement. Plus celui-ci est élevé, plus il faut être vigilant face au développement des maladies. La lutte raisonnée basée sur l'observation méticuleuse des cultures permet d'intervenir à bon escient avec une palette d'outils (chimiques et autres) performants, ayant, dans le cadre d'une bonne pratique agricole, un impact limité sur l'environnement, sans risque pour le consommateur (les conditions de mise en marché et d'emploi des spécialités phytosanitaires sont strictement encadrées par une règlementation rigoureuse basée sur des textes règlementaires européens et nationaux).
Pour la protection des cultures, les antibiotiques sont très peu autorisés (donc d'usage interdit) dans la plupart des pays pour les risques de sélection de gènes de résistance qui pourraient passer aux bactéries pathogènes chez l'homme. On y trouve des produits comme la Streptomycine, la Terramycine, l'Agrimycine, la Kasugamycine.
Des alternatives aux traitements chimiques sont peu à peu mises au point et arrivent sur le marché. Cette catégorie des éliciteurs-phytostimulants apporte des solutions qui ont déjà donné des résultats.
On peut volontairement introduire dans une parcelle infectée une bactérie ou un champignon inoffensif pour la plante mais qui présente des antagonismes forts avec une bactérie ou un champignon particulièrement pathogène. Par exemple on utilise Erwinia herbicola contre Erwinia amylovora
On peut bien sûr aussi combiner les différentes techniques en prenant plus en compte le facteur environnemental.
Les maladies des plantes sont dues à deux séries de facteurs, qui peuvent agir conjointement :