Il ya plus de 5000 espèces de nématones dans le sol. Beaucoup sont pathogènes. Certains provoquent des gales au niveau des racines des Solanacées. Le moyen de prévention le plus efficace en lutte biologique est l'introduction de tagètes (oeillets d'Inde), qui, grâce à leurs exsudats racinaires, on un effet nématifuge.
Ce sont les dysfonctionnements physiologiques de la plante liés à des facteurs tels ceux listés ci-après.
Le manque d'eau induit un dessèchement, un ralentissement, et son excès peut provoquer une asphyxie radiculaire. Les problèmes liés au pH de l'eau, à sa température, à la salinité (salinisation) ou à sa qualité (pollution chimique ou organique, par exemple par de pathovars de la bactérie Pseudomonas).
Les constituants minéraux nécessaires à la plantes peuvent être en quantité ou en disponibilité insuffisante au point de provoquer de véritables symptômes extérieurs et pas seulement une production limitée (voir : carence).
Un climat anormalement pluvieux à une saison donnée peut provoquer un déficit de lumière et un ralentissement de la croissance et de la production. Le manque de lumière comme après une forte éruption volcanique empoussiérant l'atmosphère a les mêmes effets.
Un excès de chaleur s'identifie avec un échaudage du végétal, insolation souvent liée à une diminution de l'hygrométrie provoquant un double stress pour la plante et en ville une diminution du phénomène de rosée.
Le gel a lui aussi un effet important. Il provoque des roulures, une fente des troncs et des écorces éclaté par l'eau. Le poids de la neige ou du givre provoque aussi la fracture des branches ou des tiges. Certaines bactéries présentes sur les feuilles comme pseudomonas peuvent induire la cristallisation de glace à la surface des végétaux un peu avant le 0 °C.
Les poussières et substances grasses qui encrassent le feuilles, freinent la photosynthèse tout en favorisant la colonisation de surface par des champignons ou bactéries épiphytes éventuellement pathogènes. Certaines substances véhiculées par l'atmosphère sont très nocives pour les végétaux telle que, par exemple, l'Anhydride sulfureux et de manière générale les acides émis par l'activité humaine (l'industrie, la combustion des chauffages, les gaz d'échappements des véhicules…), l'ozone, les PAN, et autres oxydants émis par l'industrie, le chauffage, les véhicules, agissant le jour et/ou la nuit. On peut citer l'effet des éruptions volcaniques émettrices de cendres fines: celles-ci recouvrent les végétaux proches et si elles ne sont las lavées par des pluies, ceux-ci n'ont plus assez de lumière et souffrent.
Sont à prendre en compte : les effets du vent (bris, blessures, tensions...), les précipitations (pluie, neige, grêle), la foudre , la longitude , la latitude , relief , masses d'air froides , masses d'air chaudes...