La fraie de la perchaude a lieu tôt au printemps. Selon les régions et les conditions atmosphériques, la reproduction débute en mars pour se terminer en mai et même en juin. La température optimale pour la reproduction de la perchaude se situe entre 7,8 °C et 11,1 °C. Les adultes recherchent alors des eaux peu profondes pourvus de végétation. Les petits mâles accèdent aux frayères les premiers, les femelles suivent. La reproduction se déroule durant la nuit ou très tôt le matin. Elle a lieu, en général, à des endroits où il y a la présence de plantes submergées avec quelques tiges, racines, des branches et des broussailles. Chaque perchaude y accrochera son ruban d’œufs. À défaut de ces structures, ce poisson frayera sur le sable ou le gravier. Il ne construit pas de nids comme d’autres espèces de poissons. Il ne semble pas y avoir d’observations sur l’acte reproducteur lui-même, mais on croit qu’il n’implique qu’une seule grande femelle et plusieurs mâles qui vont et viennent en une file longue et compacte, les premiers mâles pressant leur museau contre la femelle. Chaque femelle gravide peut être suivie par quinze à vingt-cinq mâles; ils fertilisent les œufs lorsqu’ils sont relâchés. Le nombre d’œufs pondus varie entre 2000 à 90 000 selon la taille de la femelle. Un œuf mesure environ 3,5 mm une fois gonflé d’eau. Ces œufs, à demi flottants, sont contenus dans un tube ou un cordon aplati, gélatineux et transparent, plié en accordéon. Certains cordons peuvent mesurer plus de 2 mètres de longueur par 4 cm de largeur. Les œufs ne reçoivent aucun soin de leurs parents, toutefois, ils contiendraient une substance qui décourage leur prédation par d’autres poissons. L’incubation des œufs dure normalement de 8 à 10 jours; cependant, cette période peut atteindre près d’un mois lorsque la température de l’eau se situe autour de 8 ºC. Les femelles croissent plus rapidement que les mâles. Elles dépassent rarement 36 cm de longueur. Leur poids n’excède presque jamais 500 grammes. L’aération des œufs en incubation provient de l’eau circulant à travers le cordon. Lorsqu’ils éclosent, les jeunes larves mesurent environ 5 mm. Durant quelques jours, elles se nourrissent du contenu de leur sac vitellin et par la suite, elles mangent du plancton. Les mâles peuvent atteindre la maturité sexuelle à l’âge de 1 à 2 ans et les femelles sont matures à 2 à 3 ans. Une perchaude vit en moyenne jusqu’à l’âge de 9 ans, l’âge maximal atteint est de 17 ans. La croissance est extrêmement variable et fortement influencée par le type d’habitat dans lequel elle vit.C'est un poisson à croissance lente, environ 2,5 cm annuellement.
Dans le contexte de l’écotoxicologie des métaux, la perchaude apparaît comme l’espèce la plus pertinente, en effet, elle est particulièrement intéressante dans l’étude des effets des métaux dans les systèmes d’eau douce. Exposées à de l’eau contaminée, ces poissons accumulent les métaux (Kraemer et al. 2006). Elles se prêtent aussi aux études de toxicologie des métaux (Pierron et al. 2009) et permettent en général d’évaluer l’impact des métaux sur la santé des poissons (Gauthier et al. 2008).