Pneumonie atypique - Définition

Epidémiologie de l'infection par le SRAS-CoV

Les coronavirus humains OC43 et 229E sont responsables d’épidémies hivernales survenant principalement dans de petites communautés (internats, écoles, familles…) durant en général quelques semaines. La contamination humaine se fait par inhalation de gouttelettes de salives infectées ou par contact direct avec les sécrétions nasales.

Le Syndrome Respiratoire Aigu Sévère (SRAS) est une maladie infectieuse nouvelle identifiée pour la première fois en février 2003, mais présente en novembre 2002 dans la province du Guangdong (Chine). En l’infection se propage à Hong-Kong, région pourtant proche du foyer initial, suggérant une faible contagiosité du virus. Les épidémies qui ont suivi sont restées limitées à des groupes familiaux résidant dans des zones de forte densité de population, à des hôtels (Hong-Kong) ou à des hôpitaux (Hanoï, Toronto). Cette extension limitée est un argument en faveur de la faible transmissibilité du virus. Comparé aux virus grippaux capables d’infecter rapidement des millions de personnes dans le monde, le virus du SRAS ne semble pas se propager rapidement. À ce jour, une seule épidémie a eu lieu, en 2003, touchant au moins 8000 personnes, un certain nombre de cas secondaires n’ayant probablement pas été identifiés. L’année suivante, en 2004, 9 cas ont été signalés, uniquement en Chine. Cette année-là, les cas index étaient systématiquement décrits chez des personnes travaillant dans des laboratoires étudiant le virus responsable du SRAS (étudiante en virologie, chercheur contractuel). Ces cas index étaient à l’origine de la contamination des autres personnes touchées (parents, infirmière etc.).

Le virus du SRAS semble essentiellement propagé par contact direct avec des gouttelettes de sécrétions respiratoires de personnes infectées. Une transmission par voie fécale ou aérienne semble possible mais rare (En 2003, un des foyers d’infection survenu dans un quartier de Hong-Kong semble s’être développé à partir d’eaux d’égouts contaminées). La diffusion aérienne du virus du SRAS ne semble pas primordiale mais ne doit pas être écartée. En effet, la contamination du personnel soignant réalisant des actes à hauts risques (bronchoscopie, intubation endotrachéale …) est un argument en faveur de la contamination aérienne à partir d’un environnement contaminé.

Fin mai 2003, l'étude d'échantillons d'animaux sauvages vendus comme aliments sur des marchés de la province de Guangdong (Chine) a montré la présence de coronavirus du SRAS chez des civettes, ce qui laisse penser que le virus du SRAS a franchi la barrière des espèces. En 2005, deux études ont trouvé des coronavirus proches du coronavirus du SRAS chez des chauves-souris en Chine. Des analyses phylogénétiques de ces virus ont conclu à une forte probabilité que le SRAS provienne de chauves-souris et se soit propagé à l'homme, soit via des chats et/ou des civettes. Les chauves-souris infectées ne montraient pas de signes visibles de maladie.

Le SARS-CoV, agent responsable du SRAS

L'identification du virus a été assez rapide (quelques mois contre plusieurs années pour le virus du VIH dans les années 1980), 11 laboratoires ayant été mobilisés par l'OMS. Le virus responsable du SRAS, SARS-CoV appartient à la famille des Coronaviridae, au genre des Coronavirus.

Les coronavirus sont des virus enveloppés à ARN simple brin de polarité positive. En microscopie électronique, les particules virales présentent des protubérances de surface leur donnant un aspect « en couronne » (corona, en latin) qui a servi à la dénomination de ces virus. La classification en coronavirus résulte de tests de réactions sérologiques et d'analyses des séquences génomiques. La famille des Coronaviridae est divisée en trois groupes : le groupe 1 (coronavirus canin, coronavirus félin entérique FECV et de la péritonite infectieuse féline FIPV, virus de la gastroentérite transmissible du porc et virus respiratoires porcins) et le groupe 2 (coronavirus bovin, virus des hépatites murines, virus de la silodacryonite du rat et coronavirus humain OC43) comprennent les virus infectant des mammifères. Le groupe 3 est constitué de virus réputés exclusivement aviaires (virus de la bronchite infectieuse aviaire, coronavirus du dindon).