En 1998, Pouria Amirshahi cède sa place de président de l'UNEF-ID à Carine Seiler. Il se donne alors une nouvelle mission, sauver la MNEF. En effet, la Mutuelle nationale des étudiants de France est alors secouée par une grave crise financière et judiciaire. Il prend donc la tête d’une liste commune aux deux UNEF. Un premier pas vers la réunification. Les élections donnent sa liste : « Changer la Mnef », vainqueur. Devenu dirigeant de la mutuelle, il tente un plan de sauvetage. Il s’agit, pour lui et son équipe, de recentrer la mutuelle sur ses fonctions essentielles, et de mettre fin à la politique hasardeuse de filiales de l’ancienne direction. Du strict point de vue de la santé, ils choisissent d’élargir et de moderniser la politique de remboursement (pilule micro dosée…). Enfin ils souhaitent rétablir le contrôle démocratique des adhérents sur la direction de la mutuelle. Mais ils n’ont pas le temps de mener leur plan à terme. Six mois plus tard, la mutuelle étudiante est mise sous tutelle par la Commission de contrôle des mutuelles et des institutions de prévoyance. Cette tutelle est le début d'une grave crise pour le mutualisme. Finalement, la MNEF est liquidée. Une nouvelle mutuelle nationale sera créée, la Mutuelle des étudiant (LMDE). De son côté, Pouria Amirshahi se retire du syndicalisme étudiant.