Selon l’archéologie, Pukapuka aurait été habité dès le IVe siècle avant notre ère. Des os de chiens datant de cette époque ont en effet été retrouvés. Ces ossements diffèrent des squelettes des chiens d’Asie du Sud-est et se rapprocheraient de ceux du dingo australien. Certains archéologues en ont émis l'hypothèse d’un peuplement ancien de l’île par des aborigènes. Néanmoins les ossements humains les plus anciens retrouvés à ce jour, seraient plus tardifs puisque datés au carbone 14 aux alentours de l’an 400 après J.-C.