Il meurt le 7 mai 1885 dans sa maison du Chemin de Vertou, à Nantes.
Quatre ans plus tard après sa mort, après avoir mis les directeurs et les professeurs sourds à l'écart des jeunes sourds afin que ces derniers grandissent sans gestes, le congrès de Milan censure la Langue des Signes.
Cet interdit a duré près d'un siècle, jusqu'à ce que le Ministère de la Santé le lève partiellement en 1977.
René Dunan s'installe seul au bourg de Carquefou, dans la Loire Inférieure, à une quinzaine de kilomètres de Nantes. Ses parents lui auraient légué la maison. Il s’y met à peindre des paysages, des scènes de chasse et un autoportrait.
Son école est transférée dans le domaine de La Persagotière à Nantes, en 1856, achetée par le Conseil Général du département de Loire Inférieure pour la somme de 95 000 Francs — après une autorisation de l’architecte Félix Sehent. L'espace est favorable aux besoins des élèves.
René Dunan rencontre le directeur de ce nouvel établissement, le Frère Louis, un homme de cœur, et s'installe dans une chambre de La Persagotière avec des soins attentifs. Il y profite d'une longue et paisible vieillesse.
La Persagotière est de nos jours un institut médico-social public, régi par les dispositions de la loi 2002.2 rénovant l’action sociale et médico-sociale. Il accueille toujours des jeunes sourds et malentendants, des jeunes ayant des troubles complexes du langage, avec ou sans handicap associé.