En 1793, il détermine, en collaboration avec Antoine Lavoisier, la valeur de la nouvelle unité de masse, connue sous le nom de kilogramme, pour la Commission des poids et mesures de l'Académie des sciences.
Haüy montra que la forme des cristaux résultait de l'empilement de petits volumes de matière qu'il nommait molécules intégrantes, et dont son élève, Gabriel Delafosse déduira la notion de maille en 1840. Grâce à ces travaux, Haüy parvient à définir l’espèce minérale.
Partant du principe, découvert en 1817 avec le spath d'Islande, et d'autres données, que tous les minéraux peuvent acquérir la propriété électrique et afin d'établir des critères de détermination de chacun d'entre eux, R.J.Haüy se pencha sur la nature de l'électricité et sa quantité, développées par plusieurs moyens : la pression, en comprimant le minéral entre deux doigts ; le frottement (phénomène de triboélectricité) et la chaleur (phénomène de pyroélectricité).
Pour ses recherches, R.J. Haüy a imaginé et décrit de petits appareils qu'il a nommés électroscopes permettant de définir l'électricité créée, vitrée ou résineuse, selon l'acception de l'époque (établie par DUFAY et NOLLET).
Haüy enrichit considérablement les collections du Muséum grâce à des dons, des échanges et des achats. Sa collection personnelle de minéraux a été acquise par un britannique avant d'être rachetée par le Muséum en 1848.
Il est inhumé, en compagnie de son frère, Valentin Haüy, au cimetière du Père-Lachaise, à Paris.
Il écrit de nombreux articles pour divers journaux scientifiques. Il publie notamment dans le Journal de physique et les Annales du Museum d'Histoire naturelle.