Bien que cette séquence existe et puisse être lue par la machinerie cellulaire de l'organisme, elle a néanmoins subi plusieurs mutations dues à l'évolution, rendant le rétrovirus endogène généralement défectif et incapable de produire les protéines constituant les virions lorsque sa séquence est exprimée.
Bien qu'incapable d'assurer un cycle de réplication complet, les rétrovirus endogènes ne sont pas toujours sans conséquence pour l'organisme hôte. Certains ont gardé leur pouvoir infectieux (comme chez le porc et la souris), et jouent même un rôle dans certains aspects physiologiques (comme le HERV-W de l'être humain, qui participe à un des mécanismes assurant la formation du placenta). Cette soudaine expression peut avoir diverses origines, comme les hormones, ou des facteurs externes à l'organisme comme des radiations ou l'exposition à des agents chimiques.