Si la racine de l'arbre n'est pas conforme à l'hypothèse ci-dessus, mais se trouve plus classiquement entre les Acanthocéphales et les Seisonidés, le cladogramme résultant pose les Acanthocéphales et les Rotifères en groupes-frères :
└─o Syndermata ├─o Rotifera │ ├─o Seisonidea │ └─o │ ├─o Bdelloidea │ └─o Monogononta └─o Acanthocephala