Il est possible de créer une hiérarchie DNS alternative avec un autre ensemble de serveurs racine. Un serveur qui voudrait y avoir recours doit disposer de la liste des serveurs racine de cette hiérarchie DNS alternative.
Ces hiérarchies peuvent définir d'autres domaines de premier niveau. Ces domaines ne seront pas accessibles par les clients qui n'utilisent pas cet ensemble de serveurs. La possibilité qu'un domaine de premier niveau soit défini de façon différente entre des hiérarchies alternatives existe également.
Parmi ces hiérarchies alternatives, on peut citer :
L'Internet Architecture Board (IAB) a exprimé, dans le RFC 2826, la nécessité de conserver une hiérarchie unique pour préserver la cohésion du réseau Internet.